普通發票及時作廢沒關系，但是如果發票已經買方認證，根據其規定是不允許作廢的。如果被認定無效，將承擔相應的法律後果。根據相關法律法規的規定，在開具普通發票的當月，壹般納稅人發生了退回銷售額、取得錯誤發票等情況。，如果退回的發票和扣除符合無效條件，將被視為無效；如果簽發時發現錯誤，可以立即作廢。作廢的普通發票在防偽稅控系統中按“作廢”處理，並在紙質普通發票及每份聯次上註明“作廢”字樣，所有聯次留存。

無效資格是指同時滿足以下條件:

1.退回發票的接收和扣除時間未超過賣方開具發票的月份；

2.賣家沒有抄稅，也沒有記賬；

3.購買方未認證或認證結果為“納稅人識別號未認證”或“專用發票代碼和號碼未認證”。

作廢發票的通常原因:

1，發行錯誤；

2.銷售退貨；

3.銷售折扣；

4.服務已暫停。

作廢發票的異常原因:

1，惡意隱瞞收入；

2.惡意串通，賣家違規無效，收票方虛列費用。在真實經營的前提下，銷售方與收票方惡意串通，銷售方違規將部分發票作廢（發票未收回），收票方虛列發票成本以達到偷稅目的；

3.涉嫌虛開發票等。壹些非法企業從事虛開發票活動，但為了避免稅務風險疑慮或銷售額和稅負的異常波動，將部分發票作廢，從而達到銷售持平、利潤微薄的虛開發票目的。

違規作廢發票的後果:

1，交稅；

2.額外的滯納金；

3.很好；

4、情節嚴重的移交司法機關處理。

法律依據

國家稅務總局關於認真做好增值稅專用發票發售和填開管理工作的通知。

第四條已開具的專用發票，未收回專用發票抵扣聯和發票聯的，或者購買方已收回專用發票抵扣聯和發票聯但將專用發票抵扣聯報稅務機關認證的，銷售方不得使其作廢。第二十條同時具備下列情形的，視為本規定所稱的無效條件:

（1）退回發票的收付時間不超過銷售方開具發票的當月；

（二）銷售者未抄稅且未記賬的；

（3）購買方未認證或認證結果為“納稅人識別號與認證不符”或“專用發票代碼和號碼與認證不符”。