同時，日本農協也在其中發揮著至關重要的作用。日本農協的全稱叫做農業合作社組合，俗稱JA。在日本乃至全世界銷售的日本農產品只需要在產品的外包裝上印有JA字樣，這意味著安全。除食品監管外，農協還承擔機構農業、農產品批發、運輸物流、銀行貸款等職責，並協助向農民發放政府補貼。如今，農協已成為連接農民制造和消費者日常生活的關鍵公路橋。
從農產品生產、生產加工、商品流通、倉儲到市場銷售，日本的農牧業構成了壹個完善的封閉產業鏈。農民可以專心農業，不斷提高農牧業的技術和管理水平，改良農產品，並將日本“工匠”精神的精髓延伸到農業領域。
農業自動化機械的快速發展自2003年以來，日本政府部門逐步實施了“下壹代農業機械緊急開發計劃”，並為農民推出了46種性能優異的農業機械，包括自動插秧機、安全駕駛的蔬菜和水果耕耘機、水稻收割機、紅外線感應幹燥設備、連續廢紙打捆機、農藥噴霧器等。，才能從每壹個細節提高農業生產力。
對於農業機械的消耗，日本政府部門給予農民最高600萬日元的補貼，給予種植合作社最高5000萬日元的補貼。在國家的大力支持下，日本的農業生產機械化水平令人驚嘆。從翻土、插秧、澆水施肥到快遞分揀、清洗、裝車，每壹步都能實實在在地操作相應的小型農機。農牧業自動化機械的快速發展使日本老年人很容易從事農民工作。
如果妳去過日本的購物中心，妳會發現日本所有的農產品都經過清洗，去除了樹枝，外包裝完整，包裝盒上印有產品名稱、產地、保質期和經營者姓名，這充分表明了農產品經營者對其產品質量的信心。
優良品種是高質量農產品的先決條件。日本政府放寬了大米以外的農產品生產和商品流通，農民可以根據農協提供的市場信息和優良品種自由選擇種植。日本農民追求質量。以大米為例。壹般來說，1畝的產量只有300 ~ 400公斤，但生產的大米無論外觀還是口感都是上品。因此，盡管日本農產品的價格相對較高，但他們從不擔心銷售市場。
日本還重視保持耕地質量。日本農產品之所以能始終堅持“有機化學和身心健康”的發展理念，是因為農民在耕作中施用有機肥，而不是廣泛使用有機肥和化肥卻不求質量求生存。尖端的灌溉設備在農田保護和土壤層改良方面也發揮著重要作用。