如果勞動者在醫療期滿後仍不能工作，用人單位提出解除勞動關系是合法的，但仍需支付經濟補償金和醫療補助費。
法律依據:《勞動合同法》
第四十六條有下列情形之壹的，用人單位應當向勞動者支付經濟補償:
（壹）勞動者依照本法第三十八條規定解除勞動合同的；
（二）用人單位依照本法第三十六條的規定與勞動者提出解除勞動合同，並與勞動者協商壹致解除勞動合同的；
（三）用人單位依照本法第四十條的規定解除勞動合同的；
（四）用人單位依照本法第四十壹條第壹款規定解除勞動合同的；
（五）除用人單位維持或者提高勞動合同約定的條件續訂勞動合同，勞動者不同意續訂的以外，依照本法第四十四條第壹款規定終止固定期限勞動合同的；
（六）依照本法第四十四條第四項、第五項的規定終止勞動合同的；
（七）法律、行政法規規定的其他情形。
第八十七條用人單位違反本法規定解除或者終止勞動合同的，應當按照本法第四十七條規定的經濟補償標準的二倍向勞動者支付賠償金。
企業職工患病或非因工負傷醫療期規定
醫療期是指企業職工因病或非因工負傷停止工作休息且不得解除勞動合同的期限。
企業職工因病或非因工負傷需要停工醫療時，根據其實際工作年限和在本單位的工作年限，給予3至24個月的醫療期:
（壹）實際工作年限不滿十年，且在本單位工作年限不滿五年滿三個月的；五年以上是六個月。
（二）實際工作年限十年以上，在本單位工作年限不滿五年的，為六個月；五年以上十年以下九個月；十年以上十五年以下的為十二個月；十五年二十年十八個月；二十年或二十年以上是二十四個月。