1.各級黨組織過多幹預政府部門事務。
目前，中央與地方之間、地方各級政府之間的權限不是很明確，尤其是財權和人事權，充滿矛盾，中央機構的構成與相應的地方機構高度壹致。中央機構之間也存在很多類似的職能機關並存的現象，導致世界上左右兩邊的責任不清，有利益的事情大家都爭著做，要承擔責任的事情大家都推脫。最終損失的還是大眾。其次，也造成了機關重疊，增加了行政成本，導致百姓怨聲載道。
2.中國政府職能的“越位、錯位和缺位”現象。
目前，政府部門仍然管了太多不該管、管不好的事，政府職能越位現象嚴重，政府直接參與企業生產經營的現象比比皆是，政府幹預微觀經濟活動的現象普遍存在。政府是國有企業的出資人，同時對企業的生產經營進行監督管理，這與政府承諾為社會組織創造公平競爭的環境有很大不同。在具體操作過程中，很多政府工作人員分不清哪些事務該政府管，哪些事務不該政府管。政府越位現象主要包括以下幾個方面:壹是直接幹預微觀經濟活動。二是地方保護盛行。三是追求短期政績。第四是安排社會事務。政府的“缺位”主要包括以下幾個方面:壹是宏觀調控和市場監管不到位。二是環境資源保護薄弱。三是統籌協調作用不夠。第四，公共服務供給不足，分配不公。
3.對市場秩序的監管力度不夠。壹是規範市場秩序的法律法規還不完善。二是執法不嚴，管理不嚴，紀律松弛，甚至有法不依，違法不究，導致現有法律法規和制度形同虛設。第三，地方保護主義和部門分割不斷變換手法，阻礙了全國統壹市場的形成。
4.政府對微觀經濟運行特別是國有企業的直接幹預仍然嚴重——政府對微觀經濟特別是國有企業的直接幹預仍然過多，有效的國有資產管理體制尚未形成。計劃經濟時期形成、經濟轉軌時期擴大的行政審批制度仍然廣泛存在，特別是在企業設立、領導人員任免、投資、對外貿易等領域。值得註意的是，在推進國企改革的過程中，壹些政策的實施也產生了強化行政審批和案件處理的副作用。國有經濟布局不合理、戰線過長的問題依然突出。對非公有制經濟的限制還太多，公平競爭的環境還沒有形成。政府公共管理職能和國有資產所有者職能的混淆沒有根本改變。如何構建新的國有資產管理運營體系，已成為深化國有企業改革亟待解決的重要問題。
政府職能轉變中存在的問題及對策
經過20多年的實施，政府職能轉變仍然被列為行政體制改革的首要任務。究其原因，主要來自以下兩個方面:壹是前期職能轉變的目標和預期尚未到位，政府職能轉變的進程需要進壹步加快；第二，隨著社會經濟、政治、文化的變化，政府職能的轉變必須相應改變。通過調查研究，轉變政府職能應從以下幾個方面入手:
(壹)完善政府的經濟調節職能
調控方式應從直接的行政幹預轉向以經濟和法律手段為主的間接調控。我國以往的宏觀調控多依靠行政手段，副作用很大，不僅會影響政府的誠信，還會對企業利益造成很大損失。因此，政府職能的方式必須以宏觀間接管理取代以前的微觀直接管理。壹方面，放松對經濟的行政幹預，弱化微觀管理職能，加強政府的宏觀調控。它是利用財政政策、貨幣政策、產業政策、收入分配政策、外交政策等政府能夠掌握和運用的壹系列經濟變量，影響市場經濟中各種變量的取值，通過影響民營經濟部門行為的政策過程，維持社會經濟平穩較快發展。另壹方面，也要把宏觀調控納入法制化軌道，在法律上明確宏觀調控各部門的權力，使宏觀調控有序進行。
(2)完善市場監管職能。
政府要對市場應該介入的領域進行有效監管，彌補市場失靈。主要表現在:
1.建立獨立的監管機構，加大對重要資源、壟斷行業和國有資產的監管力度。
以壟斷行業為例。目前我國對壟斷行業的管制，除了電力之外，都屬於國務院各個行政部門，是其行政職能的壹部分。以行業主管部門為主體的監管模式的缺陷之壹就是過於關註行業利益，而忽視了公共利益。甚至因為行政隸屬關系，正在實施壹種保護主義，往往成為廠商利益的“政策保鏢”。面對壟斷行業，保持監管機構的獨立性是保證監管效果的前提。在權力配置上，我國的獨立監管機構可以借鑒國外的經驗，使其擁有監管所屬領域的自主權，同時擁有準立法權、準司法權和行政權。
2.實施行政審批制度改革，健全和完善市場監管法律體系。
深化行政審批制度改革，減少行政許可和行政審批程序，增強政府行政能力，把已經取消和調整的行政審批事項盡快落實到位，絕不變相接管審批事項，規定行政審批事項的審批行為和方式，提高審批效率， 並明確各部門對審批事項的後期監管權責，特別是涉及多個部門的事項，實行行政問責制。 通過完善市場主體、市場交易、市場監管等壹系列法律法規，壹方面可以保證市場主體公平公正的競爭環境，另壹方面可以規範市場主體的行為，保護消費者的合法權益。
3.加強監督的公開性和民主性。
要積極發展電子政務，建立政府信息公開制度，在網上公布政府相關政策法規，發布政府工作相關信息，提供便捷的信息渠道，提高政府職能透明度，充分保障和尊重公民知情權，提高公民參與度，實現民主公開監督。
(三)強化社會管理職能
1.正確定位政府角色
政企分開，政資分開，充分發揮市場在資源配置中的基礎性作用。政企分開壹方面表現為所有權和經營權的分離，把經營權交給企業，發揮企業的自主權，調動企業的積極性；另壹方面，表現在將政府國有資產所有者職能與行政管理職能分離，理順產權關系。在社會主義市場經濟體制下，市場能解決的，政府只關心市場做不到、做不好的，積極引導市場，充分發揮市場在資源配置中的基礎性作用。
2.建立健全社會管理體系。
社會管理體制是政府管理社會的基礎，包括教育、文化、衛生等社會管理體制，以及政府負責、社會協調、公眾參與的社會管理格局[iii]。切實加強社會建設和社會管理，加大社會事務管理的範圍和力度，探索中國特色社會管理模式，形成黨委領導、政府負責、社會協同、公眾參與的社會管理新格局。
3.建立科學合理的政府社會管理體系。
建立科學合理的政府社會管理體制，就是要劃分中央和地方、上下級的社會管理權限，明確中央和地方、上下級的事權和財權。其次，橫向理順政府部門之間的分權。防止多個部門同時管理同壹件事，防止職能交叉重疊。再次，理順政府與社會的關系，即改變原來政府處理壹切社會事務的做法，由原來的“大政府、小社會”變為“小政府、大社會”，合理分配政府與社會之間的社會管理權限。
(四)完善政府公共服務職能。
完善政府公共服務職能的關鍵是有效增加公共服務投入，加快完善公共服務職能。要加強公共基礎設施、公共文化設施和公共衛生建設，積極發展義務教育，提高基本醫療水平，提供群眾健身場所，美化環境，豐富和滿足群眾精神文化需求，建立健全社會保障體系，確保國際國內安全。根據經濟社會發展水平和財力狀況，擴大公共設施覆蓋面，不斷提高公共設施服務水平，逐步提高公共產品利用率，使全體人民平等享受公共服務，滿足社會生存需要。主要方法有:完善普及教育、衛生等基本公共服務功能，使公共教育資源向農村、西部等貧困地區滲透；完善社會保障公共服務功能，建立健全社會保障體系，擴大社會保障覆蓋面，保障弱勢群體基本生活；完善農村基礎設施建設和基本公共服務體系，加快農村水利、農村電網、農村廣播電視網、農村公共互聯網、公共通信網、道路、公園等基礎設施建設，加大農村生態環境保護和科教文衛等公共服務項目投入。