(壹)原村民非商品住宅區超過批準面積的違法建設
(2)1999年3月5日前建成的符合《深圳經濟特區處理歷史遺留違法私房的若幹規定》和《深圳經濟特區處理生產經營歷史遺留違法建築的若幹規定》(以下簡稱《兩個規定》)處理條件且尚未處理的違法建築；
(三)1999不符合“兩規”處理條件的3月5日之前建成的違法建築；
(四)2004年10月28日之前，1999年3月5日之後建造的各類違法建築；
(五)2004年6月28日以後至本決定施行前修建的各類違法建築，經區政府批準復工或同意修建的除外。三是市政府要對全市違法建築進行全面普查，建立違法建築臺賬和數據庫，逐項列明建設當事人或管理人、位置坐標、用地屬性、建築面積、建設時間、類別和用途。
違法建築普查應當在本決定施行之日起壹年內完成。
進行人口普查不得收費。四、違法建築當事人或者管理人應當在本決定實施之日起六個月內，按照普查工作的要求，向違法建築所在地的街道辦事處申報。
逾期不申報的，由街道辦事處在建築物所在社區、轄區主要公共場所和市、區政府網站公示三個月；公告期滿未申報的，由街道辦事處臨時管理，普查工作結束後依法拆除或者沒收。五、對普查記錄的違法建築，市政府應當區分違法程度，根據本決定和土地利用總體規劃、城市規劃、土地利用總體規劃的要求，分別通過確認產權、依法拆除或者沒收、臨時使用等方式處理。，分期分批。六、對普查登記的違法建築，符合確認產權條件的，妥善照顧原村民和原農村集體經濟組織的利益，在區分違法建築和當事人不同情況的基礎上，依法處罰和追繳地價，並按規定辦理初始登記，依法核發房產證。
產權確認的條件、處罰和追繳地價的標準和程序、辦理初始登記的條件和程序等具體辦法，由市政府另行制定。七、市政府應當對基本生態控制線進行優化和合理調整，然後根據本決定的基本原則，對占用基本生態控制線內土地的違法建築另行制定處理辦法。八、1999年3月5日之前建成的違法建築，凡符合“兩規”處理條件的，繼續按照“兩規”處理。其他違法建築按照本決定處理，具體辦法由市政府另行制定。九、有下列違法建築之壹的，應當依法拆除:
(壹)存在嚴重安全隱患，經整改無法消除的；
(二)非法占用已辦理征收、出讓補償手續的國有土地，嚴重影響城市規劃且無法采取措施改正的；
(三)占用基本農田的；
(四)占用壹級水源保護區土地的；
(五)占用公共道路、廣場、綠地、高壓供電走廊、公共設施和公益項目用地，占用地下管線或者以其他方式嚴重影響城市規劃，無法采取措施改正的；
(六)依法應當拆除的其他情形。
具有上述(三)、(四)、(五)項的違法建築，其建設行為發生在依法確定土地用途之前的，拆遷人應當給予適當補償。具體補償辦法由市政府另行制定。十、違法建築有下列情形之壹的，依法予以沒收:
(壹)非法占用已辦理征收、劃撥補償手續的國有土地，建築物使用功能不違反城市規劃，或者雖違反城市規劃，但采取改正措施可以使用的；
(二)超出區政府批準復工用地範圍的工業及配套違法建築；
(三)依法應當沒收的其他情形。十壹、對普查記錄在案的違法建築，尚未按照本決定和有關規定處理的，可暫允許使用。
違法建築建設當事人或者管理人需要臨時使用的，應當向有關部門申請工程質量和消防安全檢查；工程質量和消防安全檢查合格，符合地質安全條件的，可按規定辦理臨時從事生產經營活動和房屋租賃的相關手續。臨時使用申請程序、使用期限等具體規定由市政府另行制定。十二、對違法建築拆遷的補償和補助，應遵循尊重歷史、公平合理、區別對待的原則，適當照顧原村民和原農村集體經濟組織的利益，並體現向守法傾斜的精神。具體補償和補貼辦法由市政府另行制定。
因實施城市規劃、舊城(村)改造、公共基礎設施建設等公共利益需要拆遷的，經處理後產權已確認的違法建築應當依法予以補償。
普查記錄的違法建築，除經處理已確認產權或未申報產權的，位於原農村非農建設用地紅線內或原農村非農建設用地紅線外，但建設行為發生在農村城鎮化之前，由原村民或原農村集體經濟組織建設的，依法拆除時給予適當補助。