本條例所稱長島試驗區包括長島151島嶼及其海域，具體範圍由省人民政府依法劃定並向社會公布。第三條長島海洋生態保護應當堅持黨的領導，樹立和踐行碧水青山是寶貴財富的理念，堅持海洋強省戰略布局，尊重自然、順應自然、保護自然，遵循規劃引領、保護優先、陸海統籌、綠色發展的原則，打造綠色環保、宜居宜業、美麗和諧的新海島。第四條省人民政府、煙臺市人民政府應當建立健全長島試驗區生態保護體制機制，制定有利於生態保護和可持續發展的政策措施，協調解決工作中的重大問題，加大財政投入，促進長島試驗區全面健康發展。
省和煙臺市人民政府發展改革、財政、生態環境、自然資源、住房城鄉建設、交通運輸、農業農村、海事等部門和單位應當根據各自職責，做好長島海洋生態保護工作。第五條長島試驗區管理機構作為煙臺市人民政府的派出機構，依照本條例的規定履行生態保護職責，依法實施行政許可、監督檢查、行政處罰等相關管理職能。
省人民政府生態環境主管部門、煙臺市人民政府生態環境主管部門及其在長島試驗區的派出機構應當按照規定職責做好海洋生態保護工作。第六條省人民政府、煙臺市人民政府和長島試驗區管理機構應當統籌生態保護和經濟社會發展，立足長島特色和優勢，推動休閑旅遊、現代漁業、醫療康養、海洋文化等生態友好型產業發展。第七條省人民政府、煙臺市人民政府和長島試驗區管理機構應當加強長島海洋生態保護的宣傳教育，提高公民的環境保護意識，並按照有關規定對長島海洋生態保護做出顯著成績的單位和個人給予表彰和獎勵。
鼓勵公民、法人和其他組織通過誌願服務、捐贈等方式參與長島海洋生態保護活動；探索建立生態保護守信激勵和失信懲戒機制；鼓勵和支持符合法律規定的環保社會組織依法提起環境公益訴訟。第二章規劃和區域功能控制第八條長島的生態保護、建設和發展應當符合省人民政府批準公布的《長島海洋生態文明綜合試驗區建設規劃》（以下簡稱《長島試驗區規劃》）；編制調整長島試驗區相關專項規劃時，應當與長島試驗區規劃相銜接。根據長島試驗區功能定位、開發規模和產業布局，劃定生態保護紅線、歷史文化保護線、基礎設施建設控制線和岸線分類保護範圍，按照國家空間規劃要求推進多規合壹，科學確定長島試驗區開發保護格局。
對不符合長島試驗區規劃要求的現有建設項目依法關停或遷出。第九條省人民政府、煙臺市人民政府和長島試驗區管理機構應當根據長島試驗區海洋主體的發展目標、功能定位和功能分區，制定實施差異化的人口發展措施，合理控制人口增量，優化人口布局和結構。第十條長島試驗區應當科學劃定各類用地用海布局，按照生態保育、休閑度假、運動觀光等功能要求，統籌海洋生態保護和綠色發展空間布局。
除國防建設、必要的基礎設施項目和民生工程外，生態涵養功能區內禁止其他類型的建設項目。
在休閑度假、運動觀光等功能區，合理控制人口規模和旅遊承載量，不得新建、改建、擴建破壞生態環境的項目。第十壹條長島試驗區應當根據海洋功能區劃和近岸海域環境功能區劃確定的海域功能，合理布局近海養殖區域，依法劃定禁捕區和限捕區，明確禁捕區和限捕區的範圍、容量和管控措施，逐步實施深海和近海規模化養殖。因劃定禁養區、限養區給水產養殖經營者造成損失的，依法給予合理補償；養殖經營者、漁民因生態保護轉產轉業的，煙臺市人民政府、長島試驗區管理機構應當給予支持。
海水養殖應當避開港口和航道水域，不得影響航行安全。第十二條長島實驗區應當加強岸線資源保護，完善自然岸線保有率管控體系，劃定管控範圍，明確管控目標。
有居民海島向陸壹側海岸線控制範圍內，除重大公益性項目或者必要的基礎設施建設項目外，應當嚴格控制其他建設項目；控制範圍內不符合規劃要求的現有建設項目和構築物應當逐步拆除或者遷出。