省轄市、縣（市、區）人民政府漁業行政主管部門主管本行政區域內的漁業工作。
漁業行政主管部門所屬的漁政監督管理機構具體負責本行政區域內的漁政監督管理工作。第五條縣級以上人民政府漁業行政主管部門應當會同有關部門對本行政區域內用於養殖的水域、灘塗進行規劃，報本級人民政府批準並公布。第六條水產種質資源保護區應當建立在具有較高經濟價值和遺傳育種價值的水產種質資源的主要生長繁殖區。省級、市級水產種質資源保護區由省級、市級人民政府漁業行政主管部門提出，經本級人民政府批準後公布。
具有較高經濟價值和遺傳育種價值的水產種質資源品種名錄由省人民政府漁業行政主管部門確定並公布。第七條縣級以上人民政府應當加大投入，安排專項資金，組織有關部門采取在天然水域增殖放流等措施，增加漁業資源。
禁止在有重要經濟價值的漁業資源的保護區和產卵場繁殖和放流水產種質；禁止將不符合生態要求的水生生物物種釋放到自然水域。不符合生態要求的水生物種名錄由省人民政府漁業行政主管部門確定。第八條使用養殖規劃確定的全民所有的水域、灘塗的單位和個人，應當向有管轄權的漁業行政主管部門提出申請。經審查，符合下列條件的，報本級人民政府核發養殖證，允許使用該水域、灘塗從事養殖生產:
申請養殖的範圍符合水域綜合利用規劃；
（二）養殖品種、規模和方式符合養殖規劃；
（三）具有相應的生產經營能力；
（四）法律法規規定的其他條件。
承包集體所有的水域、灘塗從事養殖生產的，依法簽訂合同後，可以向縣級以上人民政府漁業行政主管部門申請領取養殖證。
簽發養殖證不得向申請人收取任何費用。
水產養殖許可機關應當自受理水產養殖許可申請之日起20日內作出許可決定。逾期不能作出決定的，經行政機關負責人批準可以延長10日，並應當將延長期限的理由告知申請人。法律法規另有規定的，從其規定。第九條鼓勵和支持優質水產品生產，禁止生產、銷售不符合國家水產品質量安全標準的水產品。
從事養殖生產的單位和個人應當執行養殖技術標準和規範，養殖水體水質應當符合國家漁業水質標準。不得使用含有有毒有害物質的餌料、飼料、飼料添加劑和國家規定禁止使用的藥物。第十條水產苗種的進出口由國務院漁業行政主管部門或者省級人民政府漁業行政主管部門審批。
從事水產苗種生產的單位和個人應當向縣級以上人民政府漁業行政主管部門申請水產苗種生產許可證。漁業生產者自育自用水產苗種除外。
從事水產苗種生產的單位和個人應當具備下列條件:
（壹）有固定的生產場地，水源充足，水質符合國家漁業水質標準；
（二）用於繁殖的親本來源於原種場和良種場，品質符合種質標準；
（三）生產條件和設施符合水產苗種生產技術操作規程的要求；
（四）有與水產苗種生產和質量檢驗相適應的專業技術人員。第十壹條從事水產品生產的單位和個人可以向縣級人民政府農業行政主管部門申請無公害水產品產地認定。經審查符合規定條件的，逐級上報省級人民政府農業行政主管部門，由省級人民政府農業行政主管部門頒發無公害水產品產地認定證書，具體認定辦法按照國家有關規定執行。
任何單位和個人不得偽造、冒用、轉讓、買賣無公害水產品產地證明和標誌。第十二條縣級以上人民政府漁業行政主管部門應當加強水生動物防疫工作，監測、預防和控制漁業疫病的發生和傳播，建立健全水產品質量安全檢驗監測體系，加強監督管理，保障水產品質量安全。第十三條漁業船舶必須經漁業船舶檢驗機構檢驗並經縣級以上人民政府漁業行政主管部門所屬的漁政監督管理機構依法登記後方可下水。
漁業船舶的檢驗和登記按照《中華人民共和國漁業船舶檢驗條例》和國家有關規定執行。
縣級以上人民政府漁業行政主管部門應當加強漁業安全生產監督管理。