中國預防性病艾滋病基金會的主要工作應包括:
作為中國最早的防治艾滋病民間組織，基金會自成立以來做了大量工作，利用社會團體的便利，以多種形式協助政府開展防治工作。開展的主要工作如下:
1.1991年拍攝了國內首部反映性病艾滋病防治的科普教育視頻專題片《艾滋病追蹤》，在全國發行並獲得衛生部“特別獎”。
2.1991年，設立了“艾滋病防治小西獎勵基金”，與衛生部壹起，為衛生部等有關部委下屬單位和各省、市、自治區衛生系統獎勵了多名積極從事艾滋病研究、教育、宣傳和預防工作的優秀工作者和先進集體。
3.1995與中國中醫科學院等單位合作成功舉辦“國際艾滋病研討會”。
4.1996創辦國際性病/艾滋病信息專業期刊，編著艾滋病科普圖書《世紀警示》等出版物。
5.自1997以來，與地方政府有關部門和非政府組織合作，在廣州、南寧、北京和烏魯木齊成功舉辦了大型“預防艾滋病教育展覽”；之後，根據各地要求，修改制作展板並推廣到全國20多個省市。
6.提供艾滋病熱線咨詢；自2001起，艾滋病在線網站已經啟動。
7.1999參加中國科學院組織的艾滋病疫情控制策略調查並撰寫調查報告。
8.2000年，他與國內媒體合作拍攝並播出了《世紀警示》等有關艾滋病的教育電影，2001年，他與北京電視臺合作舉辦了大學生艾滋病知識競賽。
9.近年來，在衛生部和有關國際組織的支持下，在農村地區和初級衛生部門開展了預防艾滋病的宣傳教育:
（1）2000年，山東省濰坊市和河北省邯鄲市以廣播、電視、展覽、傳單和講座等多種形式開展艾滋病防治健康教育。
（2）2001年，在山東濰坊建立健康教育基地，在農村開展艾滋病宣傳和預防工作；
（3）2001年，我們與山西省衛生廳合作，在山西省夏縣開展了以“建設無歧視社區”為目標的艾滋病健康教育和幹預項目。這兩個地方的工作取得了成效，成為我基金會在農村地區的艾滋病宣傳教育點。