第壹，按實施目的劃分
根據實施目的，水土保持生態補償可分為損失抑制補償和收益補償兩類。
損失抑制補償屬於資源有償使用補償。其目的壹是減少生態破壞和資源利用的直接損失，二是彌補生態環境資源稀缺帶來的部分收益與全社會分擔資源成本之間的矛盾。
增益補償是壹種激勵性補償機制，即對生態保護者和建設者給予經濟或其他補貼，以保持和促進他們從事生態保護和建設活動的積極性。其目的是通過補償實現生態環境資源的積極獲取。
第二，實現形式上的分裂
根據補償形式，水土保持生態補償可分為政策補償、資金補償、物質補償、智力補償、就業補償等類型。
政策補償是向被補償者提供壹系列政策優先和優惠待遇，往往表現為制度資源和政策資源。在中國中西部生態脆弱地區和經濟欠發達地區，政策補償往往比直接的經濟補償和實物補償更有利。
資金補償是最直接和最常見的補償形式，可細分為以下類型:①財政轉移支付是上級政府為下級政府分配、轉移和調整其財政的壹種財政管理方法，包括彌補地方政府財力不足的壹般性轉移支付和為解決某壹特殊問題而向地方政府提供的專項轉移支付。財政轉移支付是我國生態補償的最主要方式。②項目支持，包括生態建設和環境保護項目、重點生態保護區替代產業和替代能源開發項目、生態移民項目支持。（3）征收生態環境補償稅費是指通過建立生態環境稅費制度，形成環境保護和生態建設的固定資金渠道。
實物補償是指部分或全部解決被補償人所需的生產和生活要素，包括物質資料、勞動力和土地，以改善被補償人的生活條件，提高被補償人的生產力水平。
智力報酬是通過智力服務，包括技術咨詢和指導，提高和改善被補償人的生產力和組織管理水平。
就業補償，即經濟發展水平較高的受益地區可以通過提供就業機會對經濟欠發達的受益地區進行補償。
第三，按薪酬流向劃分
根據補償方向，水土保持生態補償可分為水平補償和垂直補償兩大類。
橫向薪酬可分為區際薪酬和部門薪酬。地區間補償是基於地區間公平的壹種補償形式。下遊經濟發達地區“反哺”承擔環境生態保護和建設任務的上遊地區，進而遭受發展機遇和發展方式限制或財政減收。這是最典型的區際補償案例。部門補償又稱產業補償，是指當環境保護和生態建設的投入者和受益者分屬不同部門/行業時，受益者支付投入者以實現部門/行業間利益再分配的過程。
縱向補償是指從中央到地方的補償流。縱向薪酬是地區間薪酬和部門薪酬的補充或替代形式。當生態環境外部性內部化難度過大，區際補償和部門補償的可操作性降低甚至不可操作時，它是壹種補償方式或折中方式。
四、按政府和市場的角色劃分。
根據政府和市場在補償中的作用，水土保持生態補償可分為政府主導型和市場主導型兩大類。
政府主導是指在推進水土保持生態補償實施過程中，政府自始至終發揮主導作用。主要包括兩個方面:壹是政府直接向受益地區提供補償，可以是全額補償或部分補償；二是政府通過制定相關法律、政策和制度，明確界定水土保持生態補償的主體和客體及其相應的權利、義務和責任，促進補償的實現。
市場主導是指水土保持生態補償的主體和客體，補償主要通過協商談判以市場機制的方式實現。
五、按時間尺度劃分
按照補償時間尺度，水土保持生態補償可分為代際補償和代內補償。代際補償是指不同代人之間的補償。代際補償的基礎是生態資源是當代人和後代人的公共財富，當代人在使用資源時應充分考慮後代人的生存和發展。
代內薪酬包括同代人之間各種形式的薪酬。