專利局在收到申請人提交的實質審查請求、現有技術參考資料和實質審查費後，將對專利申請進行實質審查，通常檢索與發明主題相關的現有技術並審查以下問題:
1.申請專利的發明是否屬於專利法所稱的發明？
2.申請專利的發明是否違反國家法律、社會公德和公共利益？
3.申請專利的發明是否屬於不授予專利權的領域；
4.申請專利的發明是否具有新穎性、創造性和實用性；
5、是否符合同壹發明創造只能被授予壹項專利的情形；
6、依照專利法第九條的規定，是否屬於第壹申請人；
7.說明書是否清楚、完整地描述了發明內容，說明書的書寫是否符合規定；
8、權利要求書是否以說明書為依據，寫明保護範圍和權利要求書的撰寫是否符合規定；
9、專利申請是否符合單壹性要求；
10，申請人對其申請文件的修改或分割是否明顯超出原說明書和權利要求書記載的範圍；
經實質審查，專利局認為不符合專利法的上述規定的，將書面通知申請人，要求其在指定期限內進行修改或者陳述意見。申請人無正當理由逾期不答復的，其申請將被視為撤回。申請人補正或者陳述後，專利局仍認為不符合上述要求的，予以駁回並通知申請人。申請人對駁回決定不服的，可以向專利復審委員會請求復審。
專利實質審查請求生效後，專利審查員將對專利申請進行正式審查，審查內容為新穎性、創造性和實用性。在審查過程中，審查員壹般會發出審查意見通知書，申請人會對審查員發出的通知書進行回復。首次審查通知書的答復期限為4個月，後續審查意見通知書的答復時間為2個月。對於壹件發明專利申請來說，申請人收到2-3次審查意見通知書是非常正常的。對於授權難度較高的申請，可能會收到5次或更多次的審查意見通知。因此，答復審查意見通知書的時限與審查意見通知書的編號和答復審查意見通知書的速度有關。
法律依據:《中華人民共和國專利法》。
第三十四條國務院專利行政部門收到發明專利申請後，經初步審查認為符合本法要求的，應當自申請日起18個月後予以公布。國務院專利行政部門可以根據申請人的請求早日公布其申請。
第三十五條自申請日起3年內，國務院專利行政部門可以根據申請人隨時提出的請求對該申請進行實質審查；申請人無正當理由逾期未請求實質審查的，該申請視為撤回。
國務院專利行政部門認為必要時，可以自行對發明專利申請進行審查。
第三十六條發明專利申請人請求實質審查的時候，應當在申請日以前提交與其發明有關的參考資料。
發明專利申請已經在外國提出的，國務院專利行政部門可以要求申請人在指定期限內提交該國對其申請進行審查時檢索到的信息或者審查結果信息；無正當理由逾期未提交申請的，該申請視為撤回。