동남주 의료보장국은 동남주 묘족 자치주 인민정부의 직능 부문으로 전주의료보험, 출산보험, 의료구조 등 사회보장 업무를 담당하고 있다.

주정부의 승인에 따르면 국가 관련 법규와 정책에 따라 전주의료보험, 출산보험, 의료지원 등 사회보장업무를 조직하고, 의료보험정책을 제정하고 시행하고, 의료보험기금을 관리 및 사용하고, 의료보험서비스 관리를 감독하고, 의료구조정책을 제정하고 시행한다.