1，屬性不同。檢察意見書是針對社會治安和綜合治理問題向有關單位提出建議而制作和使用的檢察工作文書。就其性質而言，它是檢察機關參與社會治安綜合治理的手段和形式之壹，是檢察機關在行使各項檢察職能過程中密切配合人民群眾預防和減少犯罪、維護社會治安的重要形式。審查意見是檢察機關認為被不起訴人應當給予行政處罰、行政處罰或者沒收其違法所得時制作和使用的檢察法律文書，是檢察機關對被不起訴人予以行政處分、吸取教訓的重要方式。

2、生產基礎不同。檢察意見和審查意見的制作和使用有其自身的法律依據和內在規定。制作和使用檢察意見書的主要法律依據是《中華人民共和國組織法》第四條和修改後的《刑事訴訟法》第二條的原則和精神，以及《上海市人民檢察院檢察實務手冊》關於各業務條線制作和使用的內部規定。審查意見制作和使用的主要法律依據是修改後的刑事訴訟法第壹百四十二條第三款的規定。