1.如果乙方是有資質的施工單位，拖欠農民工工資是乙方的責任，與甲方無關；
2.如果出現非法分包和乙方不合格的情況，甲方應承擔連帶責任並支付員工工資，但事後可向乙方要求賠償。
拖欠工資的處理辦法:
1，向勞動行政部門舉報；
2.向勞動仲裁委員會申請仲裁；
3.如果您對仲裁結果不滿意，您可以在收到仲裁函後15天內向法院提起訴訟。用人單位未按照勞動合同約定或者國家規定及時足額支付勞動者勞動報酬的，由勞動行政部門責令限期支付勞動報酬。
法律依據
中華人民共和國勞動爭議調解仲裁法
第二條本法適用於中華人民共和國境內用人單位與勞動者之間的下列勞動爭議:
(壹)因確認勞動關系發生的爭議；
(二)因訂立、履行、變更、解除和終止勞動合同發生的爭議；
(三)因除名、辭退、辭職、辭職產生的爭議；
(四)因工作時間、休息休假、社會保險、福利、培訓、勞動保護等發生的爭議；
(五)因勞動報酬、工傷醫療費、經濟補償或賠償發生的爭議；
(六)法律、法規規定的其他勞動爭議。
工資支付暫行規定
第十八條各級勞動行政部門有權對用人單位工資支付情況進行監察。用人單位有下列侵犯勞動者合法權益行為之壹的，勞動行政部門應當責令其向勞動者支付工資和經濟補償，並可以責令其支付賠償金:
(壹)克扣或者無故拖欠勞動者工資的；
(二)拒不支付勞動者加班工資的；
(三)低於當地最低工資標準支付勞動者工資的。
經濟補償和賠償的標準按照國家有關規定執行。