녹색 채권과 일반 채권의 가장 큰 차이점은' 녹색' 속성이다. 녹색채권이 진정으로 환경보호와 기후변화 프로젝트에 쓰이도록 하기 위해 녹색채권은 일반채권보다 투명성이 더 높다. 이를 위해서는 녹색채권이 발행 전후에 투자자들에게 녹색수익과 융자 용도를 공개해야 한다. 채권의 환경적 효과를 감시할 수 없다면 친환경 투자 선호도를 가진 투자자들에게 잠재적 위험을 초래할 수 있으며, 심지어 녹색채권이라는 이름으로 비녹색 프로젝트 융자 등' 녹색 세탁' 행위도 나타날 수 있다.
일반채권에 비해 녹색채권은 채권 모금자금의 용도, 녹색프로젝트의 평가와 선택절차, 모금자금의 추적관리, 관련 연간 보고서 요청 등 네 가지 측면에서 특수성을 갖고 있다.