개혁에서 이 센터는 적극적으로 관념을 바꾸고, 위생 방역 구 모델의 속박을 돌파하며, 질병 예방과 통제의 새로운 방법을 적극적으로 탐구하고, 기관 목표 포지셔닝과 직능 포지셔닝을 명확히 하고, 주동적으로 업무 중심을 옮기고, 공중위생 서비스 수준을 지속적으로 높인다. 전국 계획 면역, 결핵 예방 치료, 직업병 예방 치료, 만성병 예방 선진 집단, 성 위원회 성 정부가 사스 선진 집단, 성 시급 문명 단위 등에 대항하는 칭호를 연이어 받았다.
과학교흥방지' 의 길을 견지해 1999 이후 센터는 시급 이상 과학연구 프로젝트 38 개, 성시 과학기술진보상 19 개, 전문학술논문 303 편 발표, 그 중 국가급/KLOC 2000 년 국내에서 대장균 게놈에 소지하고 있는 세균 독성과 관련된 DNA 조각이 영유아의 원인 불명의 설사 원인으로 밝혀졌으며, 처음으로 플루토늄형 밀착소의 새로운 아형이 발견됐다. 2002 년' 채소에서 유기 인 농약 잔류물을 빠르게 제거한다' 는 연구결과가 국가 발명 특허를 출원한 뒤 제품' 정채보' 로 전환돼 사회적 호평을 받아 채소 중 유기 인 농약 잔류로 인한 식중독을 효과적으로 예방하고 통제했다. 2003 년 4 월 24 일, SARS 바이러스의 유전자 조각이 환자의 삼키는 자에서 검출되었는데, 이는 당시 국내 초기 단위였다. 2003 년 5 월,' 사스 예방용 이동침대 단위 부압커버' 개발을 주관하여 국가 발명 특허를 획득했다. 5438 년 6 월부터 2005 년 10 월까지 우리나라 최초의 브루셀라병 사람 간 전염 사례가 조사됐다. 5438 년 6 월부터 2005 년 2 월까지 우리나라는 처음으로 지역사회 득성 위장염 환자의 체내에서 갈매기형 세균을 분리했다.