그림 1 다양한 시퀀싱 기술의 읽기 길이, 정확도 및 게놈 연속성 평가
3 세대 시퀀싱 기술 원리
PacBio 시퀀싱 원리
가장자리 합성 가장자리 시퀀싱 방법을 사용하여 DNA 체인 중 하나를 템플릿으로, DNA 중합 효소를 사용하여 다른 체인을 합성하고, 형광 신호를 염기 신호로 더 변환한다. 한편 PacBio 는 CCS 시퀀싱 패턴을 업그레이드하여 긴 읽기 길이의 고화질 (HiFi) 15 kb 읽기를 통해 게놈 조립의 정확성을 높였습니다.
그림 2 3 세대 PacBio 시퀀싱 원리
나노 구멍 시퀀싱 원리
단일 체인 DNA 분자가 나노 구멍을 통과할 때, 각 뉴클레오티드는 다른 전류 신호를 얻는다. 각 구멍의 이온 전류 변화를 기록하고 마르코프 모델 또는 재귀 신경망에 기반한 기본 시퀀스로 변환합니다. 또한 ULRs (Ultral Reading) 는 ONT 플랫폼의 또 다른 중요한 특징이며 큰 게놈 조립을 촉진할 수 있는 잠재력을 가지고 있습니다.
정보 분석 내용
덕? 노보 연구 내용
게놈 접합의 다중 소프트웨어 접합 및 접합 결과 평가
유전자 예측 및 주석 코딩 유전자 예측; 반복 시퀀스 주석 및 시트 어셈블리 분류; 인코딩되지 않은 RNA 주석; 가짜 유전자 주석 등.
Hi-C 보조 게놈 어셈블리의 효과적인 데이터 평가; 중첩 클러스터링 클래스, 정렬 및 방향 분석 배치 결과 평가
생물학 문제 분석
비교 유전체학 연구
유전자 가족 클러스터링;
계통 발생 나무의 건설;
유전자 가족 확장 및 수축 분석;
종 분화 시간 계산;
LTR 형성 시간 추정;
전체 게놈 복제 사건;
선택적 압력 분석
구체적인 생물학적 문제의 분석은 조직학 연구 방법과 결합하여 한 종의 생물학적 문제를 심도 있게 분석한다.
딸기 유전자 군의 클러스터 분석
율무 전체 게놈 복제 사건 분석
아월혼자의 계통 진화 나무와 유전자 가족 수축과 확장 분석.
고지대 면화 게놈의 선형 분석
기술 서비스 프로세스
견본 인도
데이터베이스 빌드 정렬
데이터 분석
보고서를 게시합니다
판매 후 문제 해결
제품의 장점
2009 년에 설립된 이 회사는 게놈 시퀀싱 분야 1 1 년 동안 정확한 게놈 조립 전문가가 되기 위해 오랫동안 노력해 왔습니다.
세계에서 가장 주류 3 세대 시퀀싱 플랫폼 (PacBio 시퀀싱 플랫폼 및 나노 구멍 시퀀싱 플랫폼) 을 보유하고 있으며 수만 종의 이중 플랫폼 조립 및 게놈 조립 경험이 풍부합니다.
Hi-C 염색질 구상 캡처 기술 라이브러리의 유효 데이터 비율이 높고 마운트 효율성이 99% 에 이릅니다. 풍부한 배수체 종 연구 경험을 통해 3 세대 게놈 조립과 결합해 염색체 수준 게놈을 얻은 동료들은 게놈 조립의 질을 더욱 높였다.
자체 개발한 선도적인 게놈 시퀀싱 및 분석 기술을 통해 23 개의 발명 특허와 150 개 이상의 핵심 소프트웨어 저작권을 획득했습니다.
프로젝트 경험 예
협력 조건 사례
사례 1
새롭게 업데이트된 아시아 면화 A 게놈에 기반한 243 개의 이배체 면화의 중요한 농예성 연구.
243 개의 이배체 면화 재료의 재 시퀀싱? 재생 된 게놈 인식에 기반한 주요 농경 적 특성의 유전 적 기초
저널: 자연 유전학
영향 요인: 27. 125
발표 단위: 중국 농업과학원 면화연구소, 베이징 백마이크 생명기술유한공사 등.
출판 연도: 2065438+2008 년 5 월
연구 배경:
면화는 식물 배수체를 연구하는 귀중한 자원이다. 아시아 면과 초본면의 조상은 현대 이원 4 배체 면화 하위 게놈의 공급체이다. 본 연구는 3 세대 PacBio 와 Hi-C 기술을 이용해 고품질의 아시아 면화 게놈을 재조립해 243 개의 이배체 면화 생질의 집단 구조와 게놈 분화 추세를 분석해 면화 피면 생산량의 유전적 개선에 도움이 되는 후보 유전자점을 파악했다.
연구 결과:
1, 아시아 면화 3 세대 게놈 조립;
아시아 면화의 게놈 조립은 3 세대 시퀀싱과 함께 진행되며, Hi-C * * * 획득 142.54 Gb, 조립 1.7 1 Gb 아시아 면화 게놈, 겹침 Hi-C 기술을 이용하여 1573 Mb 의 조립 데이터를 13 개의 염색체에 배치합니다. 발표된 게놈에 비해 Hi-C 데이터가 업데이트된 게놈과 비교될 때 비대각 불일치가 현저히 줄어든다 (그림 1 A-B).
그림 1 아시아 면화 게놈의 두 가지 버전의 HI-C 데이터 비교
이배체 면화 개체군의 유전 적 진화 분석;
아시아 면화 230 인분과 13 인분을 다시 서열화했다. 게놈 비교, 계통 진화 나무, 집단 구조 분석, PCA, LD 및 선택적 제거 분석에 따르면 아시아면과 면풀 (A) 이 레이몬면과 동시에 분화되는 것으로 나타났다. 아시아 면화는 중국 남방에서 기원한 후 장강과 황하 유역으로 전해졌다. 길들이기 관련 특징을 가진 대부분의 종질은 지리적 격리를 거쳤다 (그림 2).
그림 2 이배체 면화의 인구 진화 및 인구 구조 분석
아시아 면화 게놈 전체 상관 연구 (GWAS):
각기 다른 환경에서 온 1 1 중요한 특성에 대한 전체 게놈 연관 연구 분석을 통해 아시아 면 1 1 중요한 농예성의 98 개 주요 관련 부위를 확인했습니다. GaKASIII 의 동의어 대체 (시스테인/아르기닌 대체) 는 면화씨의 지방산 구성 (C 16:0 과 C 16) 을 유발한다. 면화 시들어가는 병에 대한 저항성이 GaGSTF9 유전자 표현의 활성화와 관련이 있는 것으로 밝혀졌다. 아시아 면화 종질 중 158 부의 가죽면과 57 부의 무피면 소재를 선정해 GWAS 관련 분석을 진행한 결과 표피모와 섬유발육과 관련된 정보가 발견됐다 (그림 3).
이배체 면화의 집단 진화와 구조 분석.
연구 결론:
3 세대 시퀀싱 +Hi-C 기술을 통해 아시아 면화의 게놈 재구성을 완료했는데, 게놈 조립 지수는 72 에서? Kb 가 1. 1 Mb 로 증가하여 후속 아시아 면화의 집단유전학 등 관련 연구의 기초를 다졌다. 집단 유전 진화의 상관관계 분석을 통해 아시아면과 풀면 (A 형) 과 레이몬면 (D 형) 이 동시에 분화된 것으로 밝혀져 아시아 면화가 중국 남부에서 유래해 장강과 황하 유역으로 유입되었음을 증명했다. GWAS 와 QTL 분석 방법을 통합하여 아시아 면화 지방산 함량, 내병성, 피면 성장 발육 관련 유전자를 찾아내 관련 기능을 검증해 아시아 면의 복잡한 농예성 개선을 촉진시켰다.
사례 2,
이배체, 야생, 재배 4 배체 땅콩의 비교 게놈 분석은 아게놈의 비대칭 진화와 개선을 보여준다.
땅콩의 비교? 이배체 및 재배 된 4 배체 게놈? 땅콩 비대칭 서브 게놈 진화 및 개선 공개
저널: 고급 과학
영향 요인: 15.804
발표 단위: 하남 농업대학, 베이징 백마이크 생명기술유한공사
출판 연도: 20 19 1 1.
연구 배경:
땅콩은 우리나라의 중요한 경제작물로서 중요한 단백질과 기름을 제공하는 기초이다. 땅콩은 30 개의 이배체 품종, 1 이원 4 배체 야생땅콩 (땅콩) 과 1 재배땅콩 (땅콩) 을 포함한다. 야생 4 배체 땅콩은 재배 땅콩의 농예성을 개량하는 중요한 야생자원 공급체로 국내외 학자들의 연구 핫스팟이었다. 땅콩은 유일한 야생이원 4 배체 땅콩에 대한 게놈 연구를 진행했다.