염색질은 가교 결합 후에 보존될 수 있다. 염색질 구조 캡처 기술 (3C 및 Hi-C) 과 그 파생 기술 (DNase Hi-C 및 Micro-C) 은 다양한 수준과 해상도에서 염색체의 접기 형태를 찾고 분석합니다. 기존의 염색질 구조 캡처 기술은 포름알데히드 가교 단백질과 DNA 에 의존하여 제한적인 내체효소나 DNase, Mnase 를 통해 DNA 를 절단한 다음 공간 인접 DNA 를 다시 연결합니다. 다시 연결된 DNA 문고는 고통 측정 순서를 통해 그 출처를 분석하고 비교하고 염색질 상호 작용도를 그릴 것이다. 이 교차 다이어그램을 통해 염색체 접힘에 의해 형성된 많은 구조 (예: 염색질 고리 1, 염색질 구조 스트립, 염색질 도메인, 토폴로지 도메인 2, 활동 및 비활성 영역 룸 3) 가 발견되었습니다. 그러나 교차 DNA 와 단백질과 포름알데히드의 반응은 가역적이며 교차 산물은 불안정하다. 또한 DNA 와 연결된 단백질은 제한적인 내체효소가 공간에서 DNA 를 식별하지 못하게 하여 DNA 에 대한 불완전한 제한을 초래할 수 있습니다. 따라서, 서로 다른 세포에서, 연결 부위는 이질성을 크게 증가시켜 염색질 교차 그래프의 "배경" 을 증가시켜 염색질 구조에 대한 정확한 분석에 영향을 미친다. 또한 DNase 와 MNase 는 제한적인 내체효소보다 DNA 를 더 작은 조각으로 잘라낼 수 있으므로 DNase 및 MNase 기반 파생 기술인 DNase Hi-C 와 Micro-C 는 염색질 교차 지도의 해상도를 크게 높일 수 있습니다. 그러나 DNA 와 단백질은 여전히 포름알데히드를 통해 교착되기 때문에 DNA 효소와 MNase 는 염색질 영역을 자르는 경향이 있다. 따라서 관찰 된 염색체 구조에도 편차가 있습니다.