주로 컴퓨터 시스템 보안, 모바일/무선 보안, 시스템 생존 가능성, 신뢰할 수 있는 컴퓨팅 등에 대한 연구에 종사하며, 국가 자연과학기금 중대 연구 프로젝트, 국가 863 계획, 국방전자 예연 등을 주관한 적이 있다. 최근 몇 년 동안 IEEE, ACM, China Science 등의 잡지와 회의에서 학술 논문 200 여 편을 발표하고 전문 저서/교재 (장) 7 부를 출판했다. 기술 발명 특허 40 여 개 신청, 그 중 승인 17 개, 미국 기술 발명 특허 1 항목 신청, EU 기술 발명 특허 1 항목 신청, 국제 PCT 특허/KLOC-0 신청 성 장관급 1 등상 3 개, 2 등상 6 개, 국가급 교육 성과 2 등상 1 항목, 성급 교육 성과 1 등상 1 항목 수상 소프트웨어 저작권 10 건입니다.
마건봉 교수의 주요 연구 분야는 채널 코딩, 암호학, 무선 및 모바일 보안, 시스템 생존 가능성 등이다.