（壹）審計機構未設派出機構的縣級以上衛生行政部門；
（二）二級以上醫院和財務收支較大的預防保健機構；
（三）衛生系統國有大中型企業和國有資產占控股地位或主導地位的國有大中型企業；
（4）衛生部和省級衛生行政部門所屬的大學和中專學校；
（五）財務收支數額較大或者下屬單位較多的國家事業單位、社會團體；
其他需要設置內部審計機構的單位。
審計業務較少的單位應當設置相應職級的專職內部審計人員。第四條內部審計機構和人員在單位主要負責人的直接領導下，根據國家法律、法規和政策以及本部門和本單位的規章制度，對本單位及其所屬單位的財務和經濟活動進行內部審計監督，獨立行使內部審計監督權，對本單位領導負責並報告工作。第五條衛生行政部門和單位應當加強對內部審計工作的領導，定期聽取匯報，研究部署工作，及時回復審計報告、審計意見和審計決定，並督促被審計單位加以落實。應保證內部審計所需的資金。第六條駐衛生部審計局負責領導衛生部所屬單位內部審計工作，指導和監督全國衛生系統內部審計業務；地方衛生行政部門和各衛生單位的審計機構負責領導所屬單位的內部審計工作，並指導和監督地方衛生系統的內部審計業務。第七條衛生行政部門審計機構依法負責指導和監督本系統內部審計業務:
（壹）根據法律、法規和相關規定，起草本系統內部審計規章制度，制定本系統內部審計準則；
（二）指導和監督有關部門和單位建立健全內部審計機構，配備內部審計人員，按照規定開展內部審計工作；
（三）開展內部審計理論研究，培訓內部審計人員；
（四）總結、交流和宣傳內部審計經驗，表彰本系統內部審計先進單位和個人；
（五）組織行業審計和審計調查。第八條內部審計機構對本單位及其所屬單位的下列事項進行審計:
財務計劃或預算的執行和決算；
財政、財務收支及相關經濟活動；
（三）國家財經法規和部門、單位財務規章制度的執行情況；
（四）建立和完善內部控制制度；
國有資產的購買、使用和管理；
（六）所屬單位主要負責人的經濟效益評價和經濟責任；
建設項目和更新改造項目的預算和決算；
經濟合同的簽訂和執行情況；
（九）其他審計事項。第九條內部審計機構應當按照規定對本部門、本單位與國內外經濟組織建立的合資、合作企業和合作項目的合同執行、資產管理和效益等情況進行內部審計監督。第十條內部審計機構應當對經濟管理中的重要問題進行審計調查；辦理審計機關或上級內部審計機構交辦的審計事項。第十壹條在審計管轄範圍內，內部審計機構的主要職權是:
（壹）根據內部審計工作的需要，要求有關單位按時提交計劃、預算、決算、報表及有關文件和資料；
（二）檢查憑證、報表和決算，核實資金和財產，測試財務會計軟件，查閱有關文件和資料；
（三）出席與經濟事項有關的會議；
（四）對審計涉及的有關事項進行調查，獲取有關文件、資料和其他證明材料；
（五）經本部門或單位負責人同意，對正在發生的嚴重違反財經法規和嚴重損失浪費行為作出臨時制止決定；
（六）阻撓或妨礙審計工作並拒絕提供有關資料的，經單位領導批準，可以采取必要的臨時措施，並提出追究有關人員責任的建議；
（七）提出改進管理和提高效率的建議，糾正和處理違反財經法規的行為；
（八）對模範遵守財經法規的單位和個人給予表揚，對嚴重違反財經法規和嚴重損失浪費的直接責任者提出處理建議；
（九）審計工作中的重大問題，按照有關規定向上級內部審計機構或者審計機關反映；
（十）部門和單位可以在管理權限範圍內授予內部審計機構經濟處理和處罰的權限；
（十壹）參與部門或單位對經營成果和財務管理先進單位的評價。