農副產品加工廠根據加工的農產品種類、加工工序和加工程度的不同選擇辦理。
壹、農副產品加工廠的程序和流程如下:
1.註冊方式的選擇:壹種是去國家商標局(辦公地點在北京)註冊商標(中國商標法允許本國公民直接向國家工商行政管理總局商標局申請商標註冊)；另壹種方式是委托商標代理組織為本人提供商標代理服務；
2.商標註冊前的權利查詢:商標查詢是指對商標註冊申請人或者其代理人申請的商標是否與註冊前的商標相同或者近似的查詢；
3.商標申請材料準備:需要出示身份證，提交身份證明復印件。所提供的商標圖案必須清晰易貼，應采用光亮耐用的紙張或照片替代，長寬不超過10 cm且小於5cm；商標圖案方向不清的，上下用箭頭標註，註冊商標費1000元；
4.商標註冊的申請人必須是依法成立的企業、事業單位、社會團體、個體工商業者、同中國締結協定、參加國際條約或者按照對等原則辦理的國家的外國人或者外國企業；
5.商標審查是商標註冊主管機關對商標註冊申請是否符合《商標法》規定進行的審查。商標審定，是指對經審查符合《商標法》有關規定的商標註冊申請，作出準予註冊的決定；
6.直接辦理商標註冊的，商標註冊人應當在收到《領取商標註冊證通知書》後三個月內到商標局領取，還應當攜帶:領取商標註冊證的介紹信；證人身份證及復印件；營業執照原件應加蓋當地工商部門的印章；領取商標註冊證通知書；商標註冊人名稱變更的，應當附送工作部門出具的變更證明。
二。在農村地區建立食品加工廠的程序:
1，需要辦理的前幾個必要手續:壹是工商局營業執照，這是企業設立的。有的省允許成立小作坊合夥企業，有的省市要求成立有限公司。
2.二是取得生產許可證:取得生產許可證後才能生產食品。申請生產許可證要去當地的美國食品藥品監督管理局(有的是市場監管局)，具體申請流程可以咨詢食品藥品監督管理局。無證貿然生產銷售，被發現肯定要受到處罰。
3.加工廠需要相應的生產設備、倉儲設備、消毒設備、質量管理人員和質量管理體系，需要提前準備。
4.根據崗位情況，食品廠部分員工需要取得健康證。
法律依據
中華人民共和國公司法
第七條依法設立的公司，由公司登記機關核發營業執照。公司營業執照簽發日期為公司成立日期。
公司營業執照應當載明公司名稱、住所、註冊資本、經營範圍、法定代表人姓名等事項。
公司營業執照記載的事項發生變更的，公司應當依法辦理變更登記，由公司登記機關換發營業執照。
中華人民共和國行政許可法
第三十九條行政機關作出準予行政許可的決定，需要頒發行政許可證件的，應當向申請人頒發加蓋本行政機關印章的下列行政許可證件:
(壹)許可證、執照或者其他許可證書；
(二)資質證書、資格證書或者其他合格證書；
(三)行政機關的批準文件或者證明文件；
(四)法律、法規規定的其他行政許可文件。
行政機關實施檢驗、檢測、檢疫的，可以對檢驗、檢測、檢疫合格的設備、設施、產品、物品加貼標簽或者加蓋檢驗、檢測、檢疫印章。
中華人民共和國公司法
第六條設立公司，應當依法向公司登記機關申請設立登記。符合本法規定的設立條件的，由公司登記機關分別登記為有限責任公司或者股份有限公司；不符合本法規定的設立條件的，不得登記為有限責任公司或者股份有限公司。
法律、行政法規規定設立公司必須經批準的，應當在公司登記前依法辦理批準手續。
公眾可以向公司登記機關申請查詢公司登記事項，公司登記機關應當提供查詢服務。
中華人民共和國公司法
第七條依法設立的公司，由公司登記機關核發營業執照。公司營業執照簽發日期為公司成立日期。
公司營業執照應當載明公司名稱、住所、註冊資本、經營範圍、法定代表人姓名等事項。
公司營業執照記載的事項發生變更的，公司應當依法辦理變更登記，由公司登記機關換發營業執照。
中華人民共和國食品安全法
第三十五條國家對食品生產經營實行許可制度。從事食品生產、食品銷售、餐飲服務，應當依法取得許可。然而，食用農產品的銷售和僅在預包裝食品中的銷售不需要許可。僅銷售預包裝食品的，應當報縣級以上地方人民政府食品安全監督管理部門備案。
縣級以上地方人民政府食品安全監督管理部門應當依照《中華人民共和國行政許可法》的規定，審查本法第三十三條第壹款第壹項至第四項規定所需的有關材料，必要時對申請人的生產經營場所進行現場檢查；對符合規定條件的，準予許可；不符合規定條件的，不予許可並書面說明理由。