進境物品進口稅和船舶噸稅的征收管理，依照有關法律、行政法規和部門規章的規定執行。相關法律、行政法規和部門規章沒有規定的，適用本辦法。第四條海關應當按照國家有關規定承擔保密義務，妥善保管納稅人提供的涉及商業秘密的信息，除法律、行政法規另有規定外，不得對外提供。
納稅義務人可以書面請求海關為其保守商業秘密，並列明需要保密的內容，但不得以商業秘密為由拒絕向海關提供有關資料。第二章進出口貨物稅收的征收第壹節申報和審核第五條納稅義務人在進出口貨物時，應當依法向海關辦理申報手續，並按照規定報送有關單證。海關認為必要時，納稅義務人還應當提供確定貨物歸類、完稅價格和原產地所需的有關信息。如果提供的資料是外文的，納稅義務人應提供中文譯文，並在海關要求時對譯文的內容負責。
進出口減免稅貨物的，納稅人還應當提交主管海關出具的《進出口貨物免稅證明》（以下簡稱《減免稅證明》），但本辦法第七十條所列減免稅貨物除外。第六條納稅人應當按照法律、行政法規和海關規章關於商品歸類、完稅價格審定和原產地管理的有關規定，如實申報進出口貨物的商品名稱、稅則號（商品編號）、規格、價格、運保費及其他相關費用、原產地和數量。第七條為審核確定進出口貨物的商品歸類、完稅價格和原產地，海關可以要求納稅人按照規定補充申報。納稅人也可以在認為必要時主動要求補充申報。第八條海關應當依照法律、行政法規和海關規章的規定，審核納稅人申報的進出口貨物的商品名稱、規格、稅則號、原產地、價格、交易條件和數量。
根據貨物通關和進出口的具體情況，海關只能在貨物通關過程中對申報內容進行程序性審查，然後在貨物放行後對申報價格、商品歸類和原產地是否真實無誤進行實質性核查。第九條為審查確定進出口貨物的商品歸類、完稅價格和原產地，海關可以對進出口貨物進行查驗，組織化驗、檢驗或者檢查相關企業。
經審核，海關發現納稅人申報的進出口貨物稅則號有誤的，應當按照商品歸類的有關規定重新確定。
經審查，海關發現納稅義務人申報的進出口貨物價格不符合成交價格條件，或者成交價格無法確定的，應當按照審定進出口貨物完稅價格的有關規定另行估價。
經審查，海關發現納稅人申報的進出口貨物原產地有誤的，應當按照海關原產地管理的有關規定，通過查驗納稅人提供的原產地證書、實物或者查驗其他相關單證予以確定。
經審核，海關發現納稅人提交的減免稅申請或者申報的內容不符合有關減免稅規定的，應當按照規定計算稅款。
納稅人違反海關規定，涉嫌虛報、瞞報的，按規定移交海關調查或緝私部門處理。第十條納稅義務人在貨物實際進出口前，可以按照規定向海關申請進出口貨物的商品預歸類、價格預審查或者原產地預確定。海關審核確認後，應當在貨物實際進出口時書面通知納稅義務人並予以認可。第二節稅款征收第十壹條海關根據進出口貨物的稅則號、完稅價格、原產國、適用稅率和匯率計算征收稅款。第十二條海關應當根據《海關條例》關於適用最惠國稅率、協定稅率、優惠稅率、普通稅率、出口稅率、關稅配額稅率或者暫定稅率以及適用反傾銷措施、反補貼措施、保障措施或者報復性關稅的規定，確定進出口貨物的適用稅率。第十三條進出口貨物應當適用海關接受該貨物申報進口或者出口之日實施的稅率。
進口貨物經海關同意在進境前申報的，應當適用運輸工具申報進境之日實施的稅率。
進口轉口貨物，稅率適用於起運地海關接受該貨物申報進口之日；貨物在運抵目的地前經海關批準申報的，應當適用載有該貨物的運輸工具運抵目的地之日實施的稅率。
貨物出口轉口時，啟運地海關應當接受該貨物申報出口當日實施的稅率。
經海關批準實行集中申報的進出口貨物，應當適用海關每次接受該貨物申報進口或者出口之日實施的稅率。
因未按規定期限申報而被海關依法變賣的進口貨物，適用該貨物所屬運輸工具申報進境之日適用的稅率。
因納稅人違反規定需要征稅的進出口貨物，適用違規行為發生之日實施的稅率；無法確定行為發生日期的，應當適用海關發現該行為之日實施的稅率。