法律、行政法規對炳靈寺石窟保護管理另有規定的，依照其規定。第三條炳靈寺石窟的保護和管理應當遵循保護為主、搶救優先、合理利用、加強管理的原則，保持炳靈寺石窟及其歷史風貌和自然環境的真實性和完整性。第四條省文物行政部門主管炳靈寺石窟文物保護工作。
炳靈寺石窟保護管理機構具體負責炳靈寺石窟的日常保護管理工作。第五條炳靈寺石窟所在地縣級以上人民政府應當正確處理經濟建設、社會發展與文物保護的關系，保障文物安全，並將炳靈寺石窟保護工作納入本級國民經濟和社會發展規劃。
炳靈寺石窟所在地縣級以上人民政府有關部門應當在各自職責範圍內做好炳靈寺石窟保護工作。第六條炳靈寺石窟保護範圍分為重點保護區和壹般保護區。保護範圍由省人民政府劃定並公布後，由省文物行政部門報國務院文物行政部門備案。在保護範圍以外，可以根據文物保護的實際需要劃定建設控制地帶。經省人民政府批準，建設控制地帶由省文物行政部門會同省城鄉規劃主管部門劃定並公布。
保護範圍和建設控制地帶應當設立保護標誌和界樁，任何單位和個人不得擅自移動或者損壞。第七條炳靈寺石窟的保護對象是:
（壹）構成整個炳靈寺石窟的歷史風貌和自然環境；
（二）石窟建築、窟前木構建築、寺廟建築、古塔、碑刻等遺址遺跡；
（三）構成整個洞窟的壁畫、造像、碑刻等部分；
（四）文物和其他重要材料；
（五）地下、水下文物；
（六）其他依法應當保護的對象。第八條炳靈寺石窟所在地縣級以上人民政府應當會同炳靈寺石窟保護管理機構制定炳靈寺石窟保護範圍內水系防治規劃，制定地震、暴雨、山洪、泥石流等自然災害應急預案。
炳靈寺石窟所在地縣級以上人民政府有關部門和炳靈寺石窟保護管理機構應當按照各自職責做好應急預案的實施工作。第九條炳靈寺石窟保護管理機構應當建立文物安全、自然災害、人員流動、環境、水體和生物危害等監測預警系統，加強文物監測並建立日誌。發現安全隱患的，應當采取應急措施並及時向縣級以上地方人民政府和省級文物行政部門報告。第十條炳靈寺石窟保護管理機構應當按照國家有關規定建立健全管護制度，配備防盜、防火、防雷、防水毀、防生物危害、地質監測等設施，確保文物安全。第十壹條炳靈寺石窟屬國有不可移動文物，不得轉讓、抵押或作為企業資產經營。
炳靈寺石窟用於博物館、文物保管機構或者遊覽場所以外的其他用途的，由省人民政府報國務院批準。第十二條在炳靈寺石窟保護範圍內，不得進行其他建設工程或者爆破、鉆探、挖掘等作業。因特殊情況需要在炳靈寺石窟保護範圍內進行其他建設工程或者爆破、鉆探、挖掘等作業的，必須經省人民政府批準。在批準前，應當征得國務院文物行政部門的同意。第十三條炳靈寺石窟重點保護區禁止下列活動:
山體爆破、鉆探、挖掘等作業；
（二）采砂、采石、取土等可能改變地形地貌的活動；
（三）擅自占用或破壞河道水系和道路；
（四）放牧、砍伐樹木和破壞植被；
（五）攜帶、運輸、遺棄或者儲存易燃、易爆、有毒、放射性物品的；
（六）露營、攀巖、野炊、焚燒樹葉、雜草和垃圾；
（七）在文物、建築物、構築物、保護設施和旅遊基礎設施上張貼、塗抹、塗寫、攀爬、穿越；
（八）其他損害或者破壞歷史風貌、自然環境和文物的活動。第十四條炳靈寺石窟建設控制地帶內的建設項目不得破壞其歷史風貌；工程設計方案應當經國務院文物行政部門同意後，報城鄉規劃主管部門批準。
建設控制地帶內的大型基本建設工程，建設單位應當事先向省文物行政部門報告，組織考古發掘單位對工程範圍內可能埋藏文物的地方進行考古調查勘探。發現文物的，省文物行政部門應當根據文物保護的要求，與建設單位商定保護措施。遇有重大發現的，省級文物行政部門應當報國務院文物行政部門處理。