本條例所稱重點流域是指榕江、練江、龍江流域。第三條重點流域水環境保護堅持預防為主、保護優先、綜合治理、社會參與、損害責任自負的原則。第四條縣級以上人民政府應當加強對本行政區域內重點流域水環境保護工作的領導，督促相關職能部門依法履行職責，對水環境質量負責，具體履行下列職責:
（壹）將重點流域水環境保護納入本級國民經濟和社會發展計劃；
建立健全重點流域水汙染防治區域協調機制；
（三）建立健全重點流域水環境保護聯席會議制度；
（4）建立健全重點流域水環境綜合整治長效機制；
（五）推進重點流域重汙染行業統壹規劃、統壹定點管理；
（六）加強城市汙水集中處理設施和配套管網的規劃和建設；
（七）規劃建設城鄉雨汙分流工程；
（八）法律法規規定的其他職責。第五條在重點流域水環境保護中，縣級以上人民政府生態環境主管部門應當履行下列職責:
負責重點流域水環境保護的統壹監督管理；
（二）制定重點流域水環境保護目標和年度實施計劃；
（三）分解落實重點流域重點水汙染物排放總量控制目標；
負責重點流域入河排汙口的設置和管理；
（五）監督和指導農業面源汙染治理；
（六）科學布局水質監測站（點），建立預警預報系統；
（七）督促重點排汙單位按照規定安裝自動監控設備並與生態環境主管部門聯網；
（八）法律、法規和同級人民政府確定的其他職責。第六條縣級以上人民政府的下列部門在重點流域水環境保護中履行相應職責:
（壹）水行政主管部門負責水資源開發利用、河道整治、河道采砂和水量調度的監督管理；
（二）住房和城鄉建設部門負責城鎮汙水集中處理設施及配套管網的建設和管理，對排入城鎮排水管網的排汙口實施許可和監督管理，實施城鎮黑臭水體治理和農村雨汙分流工程；
（三）林業主管部門負責生態公益林等森林資源的保護和管理；
（四）發展改革、工業和信息化、教育、司法、財政、自然資源、交通運輸、海事、農業農村、衛生健康、市場監督管理、城市管理和綜合執法等部門按照法律法規和本級人民政府確定的職責，協同開展重點流域水環境保護相關工作。第七條重點流域的鄉鎮人民政府和街道辦事處應當承擔屬地保護責任，履行下列職責:
（壹）開展轄區內重點流域水環境保護工作；
（二）配合和協助上級機關和有關部門開展重點流域水環境保護相關工作；
（三）指導村（居）民委員會組織制定水環境保護方面的村規民約（居民公約）並監督實施；
（四）法律、法規和上級人民政府確定的其他職責。第八條重點流域的村（居）民委員會應當在人民政府和有關部門的指導下，做好本村（社區）水環境保護工作，引導村民（居）民積極參與水環境保護活動。第九條重點流域水環境保護依法實行河（庫）長制，河（庫）長是轄區內重點流域水環境保護第壹責任人。
市人民政府應當制定河（庫）長制具體實施方案，明確河（庫）長制的總體要求、組織體系、具體職責、主要任務、保障措施、考核監督等內容，確保河（庫）長制有效實施。第十條重點流域的各級人民政府應當加強對水環境保護的資金保障。
縣級以上人民政府應當設立重點流域水環境保護專項資金，用於重點流域汙染源整治、生態保護補償和水環境保護科學研究，專項資金使用情況應當定期向社會公布。
重點流域各級人民政府應當引導和鼓勵社會資本積極參與重點流域水環境治理基礎設施建設和運營；鼓勵單位和個人通過捐贈、補助等方式積極參與重點流域水環境保護活動。