管理專利工作的部門調解專利糾紛，應當遵循自願、合法的原則，在查明事實、分清是非的基礎上，促使當事人相互理解，達成調解協議。
管理專利工作的部門查處假冒專利行為應當以事實為依據，以法律為準繩，遵循公平、公開的原則，並根據違法行為的事實、性質、情節和社會危害程度作出相應的行政處罰。第四條管理專利工作的部門應當設立專門機構或者配備專職執法人員實施專利行政執法。
辦案人員應當持有國家知識產權局或者省、自治區、直轄市人民政府頒發的專利行政執法證件。辦案人員在執行公務時應著裝嚴肅。第五條國家知識產權局可以根據需要組織有關專利管理部門處理和查處有重大影響的專利侵權糾紛和假冒專利案件。
對於涉及兩個省、自治區、直轄市以上的重大案件，有關省、自治區、直轄市管理專利工作的部門可以報請國家知識產權局協調處理或者調查。
國家知識產權局應當對專利管理部門在專利行政執法中遇到的疑難問題給予必要的指導和支持。第六條專利管理部門可以根據當地情況委托市、縣級人民政府設立的具有實際辦案能力的專利管理部門查處假冒專利行為和調解專利糾紛。
委托方應當對受托方查處假冒專利和調解專利糾紛的行為進行監督和指導，並承擔法律責任。第七條專利管理部門指定的辦案人員與當事人有直接利害關系的，應當回避，當事人有權申請其回避。當事人申請回避的，應當說明理由。
案件承辦人的回避由專利管理部門負責人決定。在作出是否回避的決定之前，申請回避的人應當暫停參與本案。第二章專利侵權糾紛的處理第八條請求管理專利工作的部門處理專利侵權糾紛，應當符合下列條件:
（壹）請求人是專利權人或者利害關系人；
（二）有明確的被告；
（三）有明確的請求和具體的事實、理由；
（四）管理專利工作的部門的受理範圍和管轄範圍；
（五）當事人未就專利侵權糾紛向人民法院提起訴訟。
第壹款所稱利害關系人包括專利實施許可合同的被許可人和專利權人的法定繼承人。專利實施許可合同的被許可人中，獨家實施該許可合同的被許可人可以單獨提出請求；獨家實施許可合同的被許可人可以不經專利權人請求而單獨提出請求；除非合同另有約定，壹般實施許可合同的被許可人不能單獨提出請求。第九條請求專利行政部門處理專利侵權糾紛的，應當提交請求書及下列證明材料:
（壹）主體資格證明，即個人提交居民身份證或其他有效身份證件，單位提交有效營業執照或其他主體資格證明文件復印件和法定代表人或主要負責人身份證明；
（2）專利權有效的證明，即專利登記簿副本，或專利證書和當年繳納專利年費的收據。
專利侵權糾紛涉及實用新型或者外觀設計專利的，管理專利工作的部門可以要求請求人出具國家知識產權局的專利評估報告（實用新型專利檢索報告）。
請求人應當按照被請求人的人數提供請求書副本和相關證據。第十條請求書應當包括下列內容:
（壹）請求人的名稱、地址，法定代表人或者主要負責人的姓名、職務，委托代理人的，代理人和代理機構的名稱、地址；
⑵被請求人的姓名和地址；
（三）請求辦理的事項以及事實和理由。
相關證據和證明材料可以請求書的附件形式提交。
請求應當由請求人簽名或者蓋章。第十壹條請求符合本辦法第八條規定條件的，專利管理部門應當自收到請求之日起5個工作日內立案並通知請求人，指定3名以上單數承辦人處理專利侵權糾紛；請求不符合本辦法第八條規定條件的，管理專利工作的部門應當自收到請求之日起5個工作日內通知請求人不予受理，並說明理由。