1.依法追究法人責任:法人單位作為法律主體，應當承擔相應的法律責任。有關部門可以依法查處、罰款、吊銷法人營業執照。

2.追究部門負責人的責任:部門負責人作為管理者，要嚴格監督所轄單位，確保其依法經營。如果部門負責人默許或包庇違法行為，要承擔相應的紀律和法律責任，並可能被撤職，受到行政處分甚至刑事追究。

3.建立健全制度和規範:為防止類似情況再次發生，需要建立健全相關制度和規範，明確各級部門、單位和人員的責任和義務，加強內部監督管理，加大違法風險和成本。

4.鼓勵舉報監督機制:建立健全舉報監督機制，鼓勵員工和社會公眾積極參與，舉報監督違法行為，保護舉報人合法權益，確保發現問題及時處理。

總之，對法人的違法行為和部門負責人的默許，要嚴格按照法律和制度處理，確保法治的權威和公正。