포름알데히드와 포름산으로 산화되고 산화되지 않은 것은 폐, 신장, 위장관의 점막을 통해 몸 밖으로 배출된다. 중독 초기에 가장 많은 양의 메탄올이 소변을 통해 배출되었다. 메탄올이나 그 산화산물은 조직을 직접 손상시켜 눈 손상이 가장 심하고, 그 다음은 뇌회질, 위장, 폐, 신장, 간, 췌장이 뒤 따른다. 메탄올은 특히 시신경과 망막을 손상시켜 실명을 초래할 수 있다. 메탄올이 포름알데히드로 전환된 후 망막에 대한 독성은 메탄올보다 크다. 시신경과 그 주변 조직의 초기 반응은 부종이었고 시신경 조직 변성이 나타났다. 망막에서는 신경절 세포가 먼저 영향을 받은 다음, 커널층에서 외핵층으로 퇴화한 다음, 결국 시봉 세포와 원뿔세포로 퇴화한다. 그래서 중독된 사람은 먼저 시력이 흐려진 후 완전히 시력을 잃었다. 메탄올은 세포 내 산화를 파괴하고 젖산 등 유기산을 축적하여 산중독을 형성한다. 심각한 중독은 또한 뇌부종을 일으킬 수 있다.