1. 저서생물 서식지 파괴: 항로를 넓히려면 깊게 파야 하며, 저서생물 서식지를 파괴하고 교란시켜 일부 생물군이 감소하거나 이주할 수 있다.
2. 수질오염: 항로가 넓어지면 대형 선박이 자주 통과돼 퇴적물, 폐수 등 오염물이 많이 생겨 주변 수역을 오염시켜 해양 생태계의 균형과 건강에 영향을 미친다.
3. 어류 생태계: 항로를 넓히는 것도 어류 생태계에 영향을 미친다. 넓히면 유속과 흐름의 변화는 하구 부근과 연안의 어장 구조를 바꿔 생물다양성과 먹이사슬에 부정적인 영향을 미칠 수 있다.