1，法律銜接:由於《反有組織犯罪法》是壹部綜合性法律，涉及刑事、程序和行政處罰等多個方面，因此需要與其他相關刑事立法、訴訟程序和國際公約相銜接。在實踐中，有必要確保法律與刑事訴訟和其他相關領域的現有司法解釋或規定相壹致。

2.程序操作:由於《反有組織犯罪法》對辦理有組織犯罪案件作出了很多創新性規定，在具體操作過程中會存在執行困難或不確定性。例如，在證據收集、審判程序和審判方法方面需要明確的指導，並對相關人員進行必要的培訓和指導。