有的店鋪，大米過了規定的廢棄時間後，又改了煮制時間和廢棄時間，繼續使用。有的店，員工壹般直接從湯碗喝水，然後不清洗就直接給顧客端湯，店裏的碗筷、托盤也不按要求清洗消毒。
店內洗碗間有四個洗碗池，分別是洗滌池、清洗池、消毒池、漂洗池。中午餐廳達到用餐高峰，洗碗工剛處理完飯後的垃圾馬上去洗碗。因為沒有時間，洗碗機有時候只是刷刷碗的內側，扔進清水池。
據銀座店負責人介紹，吉野家公司規定托盤每天都要清洗，但該店實際上壹周才清洗壹次。
店內服務人員沒有健康證直接上班。後廚廚師只戴壹次性或布帽，切肉或端飯的廚師不戴手套或口罩。由於廚房溫度較高，工作人員不時舉手擦汗，然後上班。
銀座店廚房的員工都使用消毒櫃裏的餐具，但消毒櫃上的電子屏幕顯示“關”字。在北京吉野家銀座店和崇外店，工作人員只對消費者使用過的餐具進行浸泡洗滌，並沒有進行徹底消毒。在崇外店裏，為了節省時間，米飯沒有淘洗就被店員倒進電飯鍋裏煮。已經過了浪費時間的大米，換了時間條後再賣消費。針對媒體報道，北京吉野家15下午通過其官方微博做出回應，對個別分店的管理疏漏公開致歉。道歉聲明稱，泰興集團控股有限公司上午對該分店進行了徹查，立即進行了全面停業整改，並對個別吉野家分店的管理疏漏公開道歉。聲明還稱，泰興集團針對舉報的衛生隱患，對系統內相關管理人員和店長進行了嚴肅處理，並立即關閉特定分店進行整改。聲明還公布了整治餐館衛生隱患的具體措施。幾家公司的高管將帶隊檢查其他北京分公司，並進行現場檢查。同時，來自總部的培訓師將開始對所有店鋪進行檢查，嚴格監督所有員工遵守操作規程，將責任重申並落實到店長和個人，從根本上杜絕任何類似事件發生的可能性。