司法審計的壹般操作步驟可以設計為:如果雙方可以約定審計機構，則由雙方約定。如果無法達成壹致，法院將在幾家具有法律資格的審計機構中公開抽簽決定；所有被審計的會計賬簿和原始憑證都應提交審計機構，由審計機構出具清單和保守商業秘密保證書。

司法審計的內容:

會計賬簿和原始憑證由審計機構保管，股東不能單方面拿走；審計地點在審計機關的辦公室；公司和股東必須接受審計機構的調查。股東可以就可疑文件提問，公司必須給出解釋。公司未予說明或未到場的，視為公司放棄解釋權。

必要時，法庭可以主持質詢會議；雙方認可的文件應作為審計的依據。符合法律要求但股東不認可的文件應由審計機構單獨列出，是否接受由法院決定。不符合法律要求和股東不認可的文件不予接受。

審計期限為0個月至6個月，根據審計工作量，因客觀原因可以依法延長；在審計過程中發現公司人員涉嫌職務犯罪的，應當移送司法機關處理，並根據情況決定是否中止審計；審計結束後，準備審計報告並送達各方。所有賬簿和憑證應歸還給公司。