“壹國兩制”原則是解決港澳與中國內地（包括未來的臺灣省和中國內地）之間民事司法協助問題的最重要原則。“壹國”是維護國家統壹和領土完整，特別行政區與祖國內地的司法協助必須以此為基本出發點。“兩制”是指尊重和維護每個司法管轄區法律制度的獨立性，不以全國性民事法律取代特別行政區的法律，允許特別行政區保留其獨特的制度和做法，並正確對待特別行政區拒絕協助的決定，以便在法律規定的條件下維護其合法權益。

此外，還應遵循以下原則:（1）所有轄區平等的原則。雖然特別行政區是中華人民共和國不可分割的壹部分，但其獨特的法律制度在非憲法層面上與內地的法律制度是平等的。特區享有獨立的終審權，特區法院與人民法院是完全平等的司法協助主體，不存在隸屬關系。（2）保護當事人合法權益的原則至關重要。司法救助的最終目的是實現當事人的合法權益。因此，在區際司法協助中，各法域都應以及時、充分實現當事人的合法權益為最高目的，最大限度地排除無關因素的幹擾。（3）程序審查原則。申請司法協助的法院應當以程序性審查為原則，不對請求方的判決或仲裁裁決進行實質性審查。