大樱桃的根按其发生部位不同可分为主根、侧根和不定根。主根是砧木种子的胚根发育而成的。在主根上发生的分支，以及分支再长出的分支叫侧根。从茎基部萌生的根叫不定根。

按根的来源不同可分为实生根和茎源根。播种繁殖的砧木苗，先长出胚根，然后发生侧根，形成的根系称实生根。扦插繁殖或分株繁殖的砧木，其根系是由插条基部或母株的不定根形成，这类根叫茎源根。

大樱桃的根系结构及分布特点因砧木种类和苗木繁殖方式不同而异。中国樱桃的须根发达，在土壤中水平扩展范围广。例如，在草樱桃上嫁接的27年生大樱桃，其水平根扩展范围达11米，约超过树冠的2.5倍。但是，草樱桃的根系在土壤中分布浅。据观察，在冲积性土壤中，其骨干根和须根仅分布在5～35厘米深的土层中。所以，草樱桃砧的固定性差，在雨季积水或大风天气易造成大树倒伏。马扎德樱桃和青肤樱也具有浅根性。而马哈利和毛把酸的主根发达，根系分布较深，固地性强。目前国内外广泛应用的半矮化砧考特也具有根系发达，抗风力强的优点。

不同的砧苗繁育方式对根系的结构有明显影响。播种繁殖的实生苗，骨干根特别是垂直根发达，根系分布较深。而扦插或分株繁殖的砧苗水平根发育较强健，须根量大。但垂直根不发达，根系在土壤中分布较浅。

另外樱桃的根系中也有菌根。