프로브 설계에는 특정 뉴클레오티드 서열이 있으며, 일반적으로 25, 60, 75 등 다양한 길이의 프로브가 있습니다. 현재 가장 좋은 효과는 60mer 입니다.
칩에 따라 단일 염기 차이를 구분할 수 있는 능력이 다르기 때문에 Exiqon 의 LNA 특허 기술은 칩에 적용되어 단일 염기 차이를 잘 구분할 수 있다.