海洋汙染防治由法律另行規定，不適用本法。第三條國務院有關部門和地方各級人民政府必須將水環境保護納入規劃，采取防治水汙染的對策和措施。第四條各級人民政府的環境保護部門是對水汙染防治實施統壹監督管理的機關。
各級交通部門的航政機關是對船舶汙染實施監督管理的機關。
各級人民政府的水利行政主管部門、衛生行政主管部門、地質礦產主管部門、市政行政主管部門和重要河流水源保護機構應當結合各自的職責，配合環境保護部門對水汙染防治實施監督管理。第五條任何單位和個人都有保護水環境的責任，並有權監督和舉報汙染損害水環境的行為。
因水汙染危害直接受到損失的單位和個人，有權要求肇事者消除危害並賠償損失。第二章水環境質量標準和汙染物排放標準的制定第六條國務院環境保護部門制定國家水環境質量標準。
省、自治區、直轄市人民政府可以對國家水環境質量標準中未規定的項目制定地方補充標準，並報國務院環境保護部門備案。第七條國務院環境保護部門根據國家水環境質量標準和國家經濟技術條件，制定國家汙染物排放標準。
省、自治區、直轄市人民政府對不能達到水環境質量標準的水體，可以制定嚴於國家汙染物排放標準的地方汙染物排放標準，並報國務院環境保護部門備案。
向有地方汙染物排放標準的水體排放汙染物的，執行地方汙染物排放標準。第八條國務院環境保護部門和省、自治區、直轄市人民政府應當根據水汙染防治的要求和國家經濟、技術條件，適時修訂水環境質量標準和汙染物排放標準。第三章水汙染防治的監督管理第九條國務院有關部門和地方各級人民政府在開發、利用、調節和調度水資源時，應當統籌規劃，保持河流的合理流量和湖泊、水庫、地下水體的合理水位，維護水體的自然凈化能力。第十條國務院有關部門和地方各級人民政府必須將城市水源保護和城市水汙染防治納入城市建設規劃，建設和完善城市排水管網和汙水處理設施。第十壹條國務院有關部門和地方各級人民政府應當合理規劃工業布局，對造成水汙染的企業進行整頓和技術改造，采取綜合防治措施，提高水的重復利用率，合理利用資源，減少廢水和汙染物的排放。第十二條縣級以上人民政府可以對飲用水源、風景名勝區水體、重要漁業水體和其他具有特殊經濟、文化價值的水體劃定保護區，並采取措施保證保護區內的水質符合規定用途的水質標準。第十三條新建、擴建、改建直接或者間接向水體排放汙染物的建設項目和其他水設施，必須遵守國家有關建設項目環境保護管理的規定。
建設項目的環境影響報告書必須評價建設項目可能造成的水汙染和對生態環境的影響，規定防治措施，並按照規定的程序報有關環境保護部門審批。在運河、渠道、水庫等水利工程上設置排汙口，應當經有關水利工程管理部門同意。
建設項目投入生產或者使用時，其水汙染防治設施必須經環境保護部門驗收。達不到規定要求的，該建設項目不得投入生產或者使用。第十四條直接或者間接向水體排放汙染物的企業事業單位，應當按照國務院環境保護部門的規定，向當地環境保護部門申報登記其汙染物排放設施、處理設施以及在正常運行條件下排放汙染物的種類、數量和濃度，並提供防治水汙染的有關技術資料。
排放汙染物的種類、數量和濃度有重大變化的，應當及時申報。拆除或者閑置汙染物處理設施的，應當事先申報，並征得當地環境保護部門的同意。第十五條向水體排放汙染物的企業事業單位，應當按照國家規定繳納排汙費；超過國家或者地方汙染物排放標準的，按照國家規定繳納超標排汙費並負責治理。第十六條造成水體嚴重汙染的排汙單位應當限期治理。
省、自治區、直轄市人民政府環境保護部門或者省、自治區、直轄市人民政府環境保護部門提出意見，報同級人民政府決定。
。市、縣以下人民政府管轄的企業事業單位，由市、縣人民政府限期治理。
人民政府環境保護部門提出意見，報同級人民政府決定。排汙單位應當如期完成治理任務。