國務院衛生行政部門委托的其他有關部門的衛生主管部門在本系統內行使傳染病防治法第三十二條第壹款所列職權。
軍隊傳染病防治工作由中國人民解放軍衛生主管部門依照傳染病防治法、本辦法和國家其他有關規定進行監督管理。第四條各級衛生防疫機構按照專業分工承擔傳染病監測管理的職責和範圍，由省級政府衛生行政部門確定。
鐵路、交通、民航、廠（場）礦衛生防疫機構承擔本系統傳染病的監測和管理工作，並接受本系統上級衛生主管部門指定的衛生防疫機構和省級政府衛生行政部門的業務指導。第五條各級各類醫療衛生機構預防、控制傳染病的職責和範圍由當地政府衛生行政部門確定。第六條各級政府對在傳染病防治工作中做出顯著成績和貢獻的單位和個人給予獎勵。第二章預防第七條各級政府應當組織有關部門開展傳染病預防知識和預防措施的健康教育。第八條各級政府組織愛國衛生活動。
鐵路、交通和民航部門負責組織消滅嚙齒動物和各種病媒昆蟲。
農林部門負責組織農田、牧場和林區的滅鼠工作。
國務院有關部委消除釘螺危害的分工按照國務院有關規定辦理。第九條集中式供水必須符合國家生活飲用水衛生標準。
各單位應自備水源，未經城建部門和衛生行政部門批準，不得與城市集中供水系統連接。第十條各級地方政府應當有計劃地建設和改造公共衛生設施。
本市應當按照城市環境衛生設施標準建設公共廁所、垃圾糞便無害化處理場、汙水雨水排放處理系統等公共衛生設施。
農村應當逐步改造廁所，對糞便進行無害化處理，加強生活用水的衛生管理，建立必要的衛生管理制度。飲用水源附近禁止設置汙水池、糞堆（坑）等汙染源。禁止在飲用水源附近沖洗廁所和運輸糞便。第十壹條國家實行計劃免疫制度。
中華人民共和國境內的任何人都應按照相關規定接種疫苗。
各省、自治區、直轄市政府衛生行政部門可根據當地傳染病疫情情況增加疫苗接種項目。第十二條國家實行兒童預防接種證制度。
適齡兒童應當按照國家有關規定接種疫苗。適齡兒童的父母或者監護人應當及時向醫療衛生機構申領預防接種證。
托育機構和學校在辦理入托入學手續時應查驗預防接種證，未按規定接種疫苗的兒童應及時補種。第十三條各級各類醫療保健機構的預防保健組織或者人員應當在本單位和責任區域內承擔下列工作:
（壹）傳染病疫情報告和管理；
（二）預防和控制傳染病；
（3）衛生行政部門指定的衛生防疫機構交辦的傳染病預防和監測工作。第十四條醫療衛生機構必須按照國務院衛生行政部門的有關規定嚴格執行消毒隔離制度，防止醫院感染和醫源性感染。第十五條衛生防疫機構和科研、教學、生產等單位從事病原微生物實驗必須做到:
（壹）建立健全防止病原微生物傳播的制度和人體防護措施；
（二）嚴格執行實驗操作規程，實驗結束後按照有關規定對樣品、設備和汙染物品進行嚴格消毒。
（3）實驗動物必須按照國家有關規定管理。第十六條各類細菌（病毒）傳染病分為以下三類:
ⅰ類:鼠疫桿菌和霍亂弧菌；天花病毒、艾滋病毒；
第二類:布魯氏菌、炭疽和麻風病；肝炎病毒、狂犬病病毒、出血熱病毒、登革熱病毒；傷寒立克次體；
三型:腦膜炎球菌、鏈球菌、淋球菌、結核分枝桿菌、百日咳嗜血桿菌、白喉棒狀桿菌、沙門氏菌、誌賀氏菌和破傷風梭菌；鉤端螺旋體和梅毒螺旋體；日本腦炎病毒、脊髓灰質炎病毒、流感病毒、流行性腮腺炎病毒、麻疹病毒、風疹病毒。
國務院衛生行政部門可以根據情況增加或者減少菌（毒）種。