沿海縣級以上人民政府海洋行政主管部門和其他有關部門按照各自職責，負責本行政區域內無居民海島的保護和利用管理工作。第五條對汙染無居民海島環境、破壞無居民海島生態的行為，法律規定的機關和有關組織可以依照《中華人民共和國民事訴訟法》、《中華人民共和國環境保護法》及其他有關規定，向人民法院提起訴訟。第六條鼓勵采用新能源、新材料和新技術開發無居民海島。
鼓勵公民、法人和其他組織參與無居民海島的自然資源、自然景觀和歷史文化遺跡的保護。第二章無居民海島保護第七條沿海縣級以上人民政府應當安排專項資金用於無居民海島的保護和修復，並納入本級財政預算。
沿海縣級以上人民政府應當通過申請國家專項資金、提取無居民海島使用基金等方式，擴大無居民海島保護修復專項資金來源。第八條自治區人民政府負責無居民海島岸線的保護和界定，對海島岸線進行統壹管理。
對改變原有海島岸線長度使用30%以上的海島岸線或者減少灘塗面積的，自治區人民政府海洋行政主管部門應當組織專項論證。第九條沿海縣級以上人民政府應當按照國家規定設置無居民海島地名標誌，並保護地名標誌。第十條有下列情形之壹的無居民海島，禁止開發:
(1)生態系統極其脆弱；
(2)擁有獨特的生態系統；
(三)位於遷徙野生動物遷徙路線上，開發可能阻礙野生動物遷徙的；
(四)可能影響周邊海洋生態安全的；
(五)法律法規禁止的其他情形。
自治區人民政府海洋行政主管部門應當編制禁止開發的無居民海島名錄，報自治區人民政府批準公布。第十壹條有本條例第十條第壹款規定情形之壹或者具有重要政治、軍事價值的無居民海島，因自然或者人為原因可能消失的，沿海設區的市、縣級人民政府海洋行政主管部門應當采取保護措施。第十二條利用無居民海島應當采取相應的生態保護措施，並符合下列要求:
(壹)根據批準文件或者無居民海島使用權出讓合同，海島用途、使用年限、總建築面積、建築高度、容積率、綠地率、環境容量等指標和環境保護措施；
(二)充分利用原有地形地貌，保護自然景觀和自然資源，不得占用批準文件或者無居民海島使用權出讓合同規定以外的自然岸線；
(三)按照批準文件或者無居民海島使用權出讓合同的規定，限制建築物、構築物及其附屬設施與自然岸線的距離；
(四)按照批準文件或者無居民海島使用權出讓合同的規定，對無居民海島及其周邊海域實施生態修復；
(五)不得破壞、損壞軍事設施、界樁、地名、助航標誌、測量、通信、氣象觀測、海洋監測、地震監測等，不得幹擾公共設施的正常使用；
(六)法律法規規定的其他條件。第十三條無居民海島使用權人應當在無居民海島使用權期滿後六個月內，拆除可能對無居民海島地形地貌、自然資源和生態環境造成損害的設施和構築物。第三章無居民海島的利用第十四條使用無居民海島的單位和個人，應當依法取得無居民海島使用權。無居民海島使用權可以通過申請批準或者招標、拍賣、掛牌方式取得。
工業、旅遊、娛樂等經營性項目使用無居民海島或者同壹無居民海島有兩個以上使用類型相同的單位和個人的，應當通過招標、拍賣、掛牌方式取得。國家另有規定的，從其規定。第十五條通過申請批準或者招標、拍賣、掛牌方式取得無居民海島使用權的，海島使用申請人應當進行無居民海島使用論證。