負責科協常委、主席辦公會議的日常事務；組織協調科協機關的政務和事務；起草重要報告和綜合性文件；負責調查研究、政務信息、宣傳報道；負責文秘、督查、機要、信訪、接待和檔案工作；負責內外聯絡，組織協調重要會議和活動；負責起草和制定相關規章制度並組織實施。

學會學術部

負責全市性學會的管理和科技類社會團體的業務指導；負責聯系科技學術團體的科技工作者；負責綜合性重點學術交流的組織協調工作；指導相關學會和科技組織開展學術活動和相關科技活動，參加國家級和省級相關科技和學術交流活動；組織和承擔重大決策咨詢、成果發布、技術問題招標和項目評估論證；組織優秀論文的評選及相關工作；負責本所學術期刊的業務指導和管理；負責系統內對口聯系等業務活動的組織管理。

科學質量工作領導小組辦公室

負責廣州市全民科學素質工作領導小組辦公室的日常工作。

科普部、企事業單位聯絡部、科協(合署辦公)

負責組織全市大型示範科普活動，參與全國、全省大型科普活動；負責聯系和指導區、縣級市科協的工作；負責聯系基層科協的科技工作者；負責組織和指導市科協的學會、協會、研究會和基層協會開展科學普及、技術推廣和實用技術培訓；指導企事業單位建立科學技術協會，協調高校、科研院所與企事業單位科學技術協會的聯系與合作；指導企事業單位配合和協助企業有關部門制定科技工作計劃，為推動科技進步和自主創新建言獻策；引導企事業單位成為聯系科技工作者的橋梁和紐帶；指導企事業單位開展學術交流和科普教育活動；配合有關部門推動企業開展“講理想、比貢獻”活動；指導“兩新”組織(新社會組織和新經濟組織)的建設和工作；做好系統內的對口聯系，組織專兼職幹部和科技人員的培訓。

國際交流部(港澳臺交流部旗下)

負責聯絡國際及港澳臺科技團體，開展民間科技交流與合作；負責聯系海外、港澳臺和廣州歸國科技人員；外事活動，指導市科協的學會、協會、研究會和基層協會，檢查本系統外事紀律和外事政策的執行情況；辦理商務考察、對外接待的審批和國際科技會議、展覽的組織、評審、申報工作。

規劃和財務辦公室

負責制定協會工作規劃、年度計劃、事業發展規劃和基本建設計劃的預算和決算；負責組織貫徹執行國家、省、市財經法規，管理和指導機關及下屬單位和市科協所屬學會、協會、研究會的有關經濟、財務、資產、基金工作；負責系統內部財務、統計、審計和監督；負責本系統政府采購、小汽車配置管理；配合有關部門開展領導幹部專項審計和離任審計；指導下屬企業和單位的經濟發展和管理工作；負責與市發展改革、經貿、財政、審計、稅務等部門的對口業務聯系。

組織人事處(監察室、機關黨委辦公室及其聯合辦公室)

負責處理黨組的日常事務；負責幹部人事、勞動工資福利、公費醫療、機構編制、離退休人員管理、計劃生育、知識分子和專業技術幹部管理、工人崗位技能鑒定和等級評定、教育培訓等工作。；負責聯系本系統的NPC代表和CPPCC委員；負責統戰、僑務和出國(境)人員的政審工作；負責所指導機關和直屬單位的紀檢監察、廉政建設、黨建和黨務工作，以及精神文明建設和思想政治工作；指導工會、共青團和婦女委員會開展工作；負責協調機關綜合管理和安全保衛工作，指導直屬單位。