沒有法律依據或者不符合本規定的行政處罰無效。第四條查處違反環境保護法律法規的案件，應當實行集體研究和查處分離的原則。第五條各級人民政府環境保護行政主管部門對環境保護違法案件的查處實施統壹監督管理。法律法規授權的其他部門和具有相關職能的相關單位，按照各自的職責，查處或者配合查處違反環境保護法律法規的相關案件。第六條任何單位和個人都有權利和義務對違反環境保護法律法規的行為進行檢舉、控告和如實作證。
被調查者必須如實提供與違法行為有關的汙染危害後果的事實、情況和證據。第二章管轄第七條區縣(自治縣、市)環境保護行政主管部門管轄本行政區域內違反環境保護法律法規的案件；協助上級環境保護行政主管部門調查處理相關案件。第八條市環境保護行政主管部門管轄下列違反環境保護法律法規的案件:
(壹)本市行政區域內有重大社會影響或嚴重危害後果的案件；
(二)跨省市或者市內區縣(自治縣、市)的案件；
(三)上級指定查處的案件。
萬州、黔江開發區環境保護行政主管部門參照前款規定管轄本行政區域內的案件。第九條下列環境違法案件和環境汙染事故，由各級人民政府有關部門依照有關法律法規分別管轄。
(壹)船舶等移動汙染源由港航監督部門管轄的案件；
(二)漁政監督管理機構依法管轄漁業汙染事故案件；
(三)衛生防疫部門管轄飲用水水源水汙染案件；
(四)公安部門管轄的社會生活和車輛噪聲汙染案件；
(五)綜合經濟主管部門管轄違反禁止生產、銷售和進口設備規定的案件；
(六)未經國務院有關主管部門許可，向境外傾倒、堆放、處置固體廢物或者進口固體廢物作為原料的違法案件；
(七)法律、法規規定由其他有關部門管轄的其他案件。第十條向沒有汙染防治能力的單位轉移汙染嚴重的設備的案件，由轉移方所在地的環境保護行政主管部門管轄。
公路、鐵路運輸過程中發生的環境汙染案件，由最先發現或者舉報結果或者行為的環境保護行政主管部門管轄。第十壹條區縣(自治縣、市)環境保護行政主管部門認為不屬於自己管轄的案件，應當移送有管轄權的主管部門。被移送部門不得拒絕或再次移送。
區縣(自治縣、市)環境保護行政主管部門對案件管轄有爭議的，由爭議雙方協商解決。協商不成的，報市環境保護行政主管部門認定。第十二條違反環境保護法律法規的案件涉及其他部門管理職能的，報請同級人民政府責令有關部門查處。
不違反環境保護法律法規的案件，應當向同級人民政府報告，責令有關部門查處。第十三條市環境保護行政主管部門有權查處區縣(自治縣、市)環境保護行政主管部門管轄的案件；也可以將自己管轄的案件提交區縣(自治縣、市)環境保護行政主管部門查處。
區縣(自治縣、市)環境保護行政主管部門可以將管轄範圍內的案件報請市環境保護行政主管部門查處。第三章組織第十四條各級環境保護行政主管部門設立環境違法案件調查處理委員會(以下簡稱調解委員會)，負責違反環境保護法律法規案件的事實審查、適用法律法規和處罰種類及幅度的審批。其日常工作由其法制機構或監督機構承擔。第十五條各級調解委員會設主任壹人，副主任壹至二人，委員若幹人。主任由環境保護行政主管部門的法定代表人擔任，副主任和委員由法定代表人提名，常務理事會任命，並報上級環境保護行政主管部門備案。
調解委員會遵循少數服從多數的原則。第十六條各級環境保護行政主管部門所屬的環境監測機構負責查處違反環境保護法律法規案件的監測工作。當事人對監測結果有異議的，由作出監測結果的上壹級環境監測機構負責仲裁。
涉及危害人體健康、造成農作物和農副產品汙染以及其他經濟損失的案件，由縣級以上有關主管部門的專業機構負責鑒定，必要時其工作人員或者專家可以參與調查。