병원 오수 처리는 병원에서 배출되는 오수 처리 방법을 말한다. 병원 오수는 일반 생활오수 외에 화학물질, 방사성 폐수, 병원체 등을 포함하고 있다. 따라서 반드시 처리해야 배출할 수 있다. 특히 간염 등 전염병 병실에서 배출되는 오수는 반드시 소독해야 배출된다. 집중 오수 처리 설비가 없는 병원에서는 감염성 배설물을 단독으로 소독하여 무해하게 해야 한다. 일반적으로 사용되는 소독제는 표백분, 액체 염소, 차염소산 나트륨, 오존이다. 방사성 동위원소를 함유한 오수는 동위원소 처리의 요구에 따라 처리해야 한다. 병원 오수 처리 과정에서 침전된 진흙에는 세균, 바이러스, 기생충알이 다량 함유되어 있어 소독 (일반적으로 익은 석회) 이나 고온 퇴비를 거쳐야 비료로 사용할 수 있다.