근친 번식도 유전자 결함의 축적을 초래할 수 있다. 같은 유전자가 후손들 사이에서 반복되기 때문이다. 이것은 유전자 돌연변이의 위험을 증가시켜 병의 가능성을 증가시킬 것이다. 예를 들어 고양이의 근친결혼은 눈형 이상, 면역체계 문제, 생식계 문제 등을 초래할 수 있다.