하지만 사실 그리스의 일부 분야, 특히 교육, 법률, 행정 분야에서는 여전히 다른 종교 단체에 대한 제한과 불평등 대우가 존재한다. 예를 들어, 그리스 법에 따르면 정교회 성직자들만이 합법적으로 결혼식을 주재할 수 있으며, 다른 종교 의식은 공식적으로 인정되지 않습니다. 또한 그리스 교육체계에서는 정교회 신앙이 널리 가르쳐지고 있으며, 다른 종교의 교육 내용은 상대적으로 적다.
전반적으로, 그리스는 헌법에서 종교의 자유의 원칙을 확립했지만, 실천에는 여전히 몇 가지 제한과 불평등 대우가 존재한다.