在昌平和通州訓練時，徐光啟曾寫信給李之藻，要他去澳門購買西洋火器。李之藻派他的師傅張導去澳門，從葡萄牙當局那裏買了四門大炮，並找到了四名炮手。在徐光啟辭職時，李之藻害怕大炮落入敵人手中，於是留在江西，不再北運。徐光啟復職後，再次抄寫訓練的三份報告，要求恢復訓練計劃，並把制造火器放在首位。他看到，明軍原本在火器方面的優勢，因為連戰連敗，且大量武器被敵人繳獲，早已變成了劣勢。只有鑄造大量火炮才能改變這種不利局面。他壹邊把留在江西的洋槍運往前線，壹邊敦促他鑄造更多的洋槍來保衛這座城市。他還推薦傳教士楊曼諾和畢方濟會做這件事，所以請盡快訪問並索取。然而好景不長。復職僅四個月後，徐光啟就遭到了宦官的襲擊。眼看培養計劃白費，他憤然辭職，回到上海進行農學實驗。