（1）本案存在兩種仲裁關系，壹是合作項目合同約定的仲裁條款，二是未約定的法定勞動仲裁；其中，合同中約定的仲裁條款只能解決雙方在合同履行過程中發生的與工程有關的經濟糾紛；勞動仲裁用於解決雇主和雇員之間的勞動爭議。
（2）摔傷屬於工傷，只能向B公司索賠，如果B公司已經為甲方購買了工傷保險，則應由工傷保險機構進行賠償。如果發生工傷申報和工傷賠償糾紛，只能申請勞動仲裁，而不能適用工程合同中的仲裁條款。
（3）即使甲方主張的是人身傷害而不是工傷，也不是合同履行過程中的經濟糾紛，不能適用合同約定的仲裁條款。
（4）雖然甲與乙公司的勞動合同期限已過兩個月，但如果甲繼續為乙公司工作且乙公司無異議，則視為雙方已同意繼續按原合同條款履行。因此，甲方與乙公司仍存在事實勞動關系，甲方仍可向乙公司或工傷保險機構主張賠償。