군 검찰원이 군 제도에 편입되어 이중 지도 체제를 실행하다. 중국 인민 해방군 군사검찰원은 중앙군사위원회 총정치부와 중화인민공화국 최고인민검찰원의 지도하에 일한다. 다른 각급 군사검찰원은 동급 군정치부와 상급 군사검찰원의 지도하에 일한다. 군 각급 정치기관은 각급 군사검찰원이 법에 따라 검찰권을 독립적으로 행사할 것을 보증한다.
군사 검찰원의 기본 기능은 국가 헌법, 법률 및 군사 법규가 군대에서 통일되고 정확하게 시행되도록 보장하고, 군대와 군인의 합법적 권익을 보호하고, 국가 사회주의 현대화 건설과 군 혁명, 현대화, 정규화 건설의 순조로운 진행을 보장하고, 군대의 전투력을 공고히 하고 제고하는 것이다. 그 구체적인 기능은 국가 안보를 위태롭게하는 사건과 군대의 다른 주요 형사 사건에 대해 검찰권을 행사하는 것이다. 군대의 횡령 뇌물, 공금 횡령 등 범죄와 독직 침해 사건에 대해 직접 입건하여 수사하다. 군사 보위부와 우리 병원의 수사 사건을 심사하여 체포, 기소, 수사 활동의 합법성 감독 여부를 결정한다. 형사 사건을 기소하고, 군사 법정 대표 국가에서 공소를 지지하고, 군사 법정 재판 활동의 합법성을 감독한다. 군사 법원의 형사 판결, 판결 집행 및 군사 감독 장소 활동의 합법성을 감독하다. 직무범죄 예방에 중점을 두고, 군 범죄 예방 종합 관리에 적극적인 역할을 한다.