所謂專項資金，是指國家或有關部門或上級部門撥付的具有特殊指定用途或特殊用途的資金。這類資金將要求單獨核算，專款專用，且不能挪作他用。壹般來說，專項資金是指財政部門或上級單位撥付給行政事業單位用於完成專項工作或項目，需要單獨核算的資金。換句話說，專項資金有三個特點:壹是來自財政或上級單位；二是用於特定事項；第三，需要單獨核算。專項資金按來源可分為三類:專項資金、專項撥款和專項貸款。

專項經費是指單位工作經費不足，或為了順利完成某項特定業務，日常經費不能滿足其需要，而單獨申請或提取的專項管理費用。用於專項管理的資金不同於專項資金。還需要單獨核算，專款專用。專項資金不得用於工資收入人員的工資、獎金、津貼、補貼和福利支出，不得用於罰款、捐贈、贊助、投資等支出。

例如，對於農業綜合開發項目，根據《農業綜合開發資金管理辦法》，農業綜合開發資金專項資金的使用只能用於項目建設所需的材料和設備；項目可行性研究、初步設計、環境評價、勘察和竣工決算審計；工程監理費；科技推廣費；項目管理費；土地管理項目管理費等。其中，農業開發項目管理費為專項資金，主要用於農業綜合開發項目的實地調查、評估、檢查驗收、宣傳培訓、項目招投標、信息化建設、項目實施監管、績效評價、資金和項目宣傳等。農業綜合開發財政資金應當嚴格執行國家有關農業綜合開發財務和會計制度，實行專人管理、專賬核算、專款專用。