마이클 스코필드는 화난 사자로 살기를 갈망한다. 그의 형 링컨 바로스는 몇 달 후에 살인으로 처형될 것이지만, 마이클은 그가 억울하다고 굳게 믿는다. 그의 형제자매를 구하기 위해 마이클은 은행을 털고 링컨 폭스 강 주립 교도소에 수감되었다. 건축 엔지니어로서 그는 감옥 건설 청사진을 잘 알고 있으며 링컨과 함께 탈옥하는 것이 마이클의 투옥의 유일한 목적이 되었다.

Bellick 은 오래된 죄수 개조관으로서 Michael 에게 감옥에서 생존할 수 있는 많은 방법을 가르쳤다. 그 후, 수크레의 도움으로 마이클은 전직 갱단의 맏이인 존 아브루즈와 악명 높은 납치범인 찰리 웨스트모란을 포함한 다른 갱단들과 광범위한 동맹을 맺기 시작했습니다. 감옥 밖에서는 마이클에게 단 한 명의 동맹자인 변호인과 오랜 친구인 베로니카 도노반이 있었는데, 그녀는 링컨의 전 여자친구이기도 했다.

한편 링컨 15 세의 아들 LJ 는 마이클 삼촌의 긍정적인 영향 없이 빈둥거리기 시작했다. 다른 역할로는 감옥 의사 사라 돈크레티와 마이클과 부자에 가까운 관계를 가진 척하는 죄수 전옥장 포프가 있다.

마이클이 감옥에 있는 밤낮으로, 그는 점차 충격적인 음모를 발견하여 그를 이런 지경에 빠뜨릴 것이다.