我的答复：

1）句子意思是：此协议由A、B双方***同讨论，并***同遵守。

说明：

entered into--讨论、研讨。

between A and B， 是在A、B双方之间有法定效力---A、B***同遵守。

2）Whereas 常规文章中意义多表示轻度转折，翻译成”然而”。

但是根据您提供的语境（商务合同），我想应该更多机会表示“鉴于......”，或者是“对......而言”， “就......而论”。

希望根据语境斟酌其具体涵义． ：）