高剂量的磷酸氟达拉滨与不可逆的中枢神经系统的毒性有关，表现为迟发的失明、昏迷和死亡。高剂量磷酸氟达拉滨还与骨髓抑制造成的重度血小板减少和粒细胞减少有关。尚不清楚磷酸氟达拉滨过量的特效拮抗剂，治疗主要包括停用药物和支持治疗。