自动进样器维护主要目的是要防止盐析出结晶磨损定量环与密封圈等位置。

主要维护手段就是洗针，排气。进样前要进行排气，进样后进行洗针，洗针溶剂要能够保证有机相能够将有机物溶解，水相能够将缓冲盐溶解，防止析出发生。

另外需要注意六通阀的清洁，经常使用高浓度盐溶液会造成六通阀外部有盐析出，注意清洁，用水冲洗溶解（尽量不要直接擦拭，容易造成划痕）外部干净后，用酒精擦拭晾干即可。

进样方面：冲程设置要符合进样瓶规格，防止针头扎碎进样瓶；样品瓶隔垫注意更换，老化后碎屑过多会导致针头堵塞；安捷伦进样器由于需要机械臂抓取样品瓶，应该使用符合安捷伦要求的样品瓶（不与老岛津瓶通用）。