焉耆马有盆地型和山地型2个不同的生态类型，彼此在体躯结构和外貌特征及适应性上有所差别。盆地型的马多偏于乘挽兼用型。头中等大，多直头或半兔头。耳稍大。颈中等长，多直颈。鬐甲高长中等，胸部发育好，背平，腹稍长，尻较短斜。四肢中等高，后肢多有刀状肢势，距毛少，蹄质坚实。体质较干燥、紧凑。山地型的马以近似蒙古马者为主。头直额宽，颈略短，体躯较粗重，尻稍斜，毛厚，长毛多。蹄较小，蹄质较盆地型马好。体质较粗糙，在山上育成的马，下到盆地区有不适应的现象。2类群的毛色都以骝毛为主，栗、黑毛次之。